Roche cobas s 201 system Manuel utilisateur

Pipetage
2
Concept de batch
Le système cobas s 201 est conçu pour traiter les échantillons par batchs.
Un batch est une série d'échantillons et de contrôles qui sont pipetés,
extraits, amplifiés et détectés en même temps selon les règles spécifiées
pour le test.
Un batch comprend tous les échantillons et contrôles placés dans un
portoir SK24.
Clip code-barres du tube S unique
ID du portoir SK24
Figure 2.1
Batch
Il est possible de faire un suivi du batch, du pooling à l'analyse des
résultats, à l'aide de l'ID de portoir SK24 et d'un ID de batch à usage
unique attribué lors du pipetage.
Il est possible de suivre les échantillons et contrôles du batch grâce à leurs
ID de code-barres scannés et aux clips code-barres uniques contenant les
tubes S (au cours du pooling et de la préparation des échantillons) et les
tubes K (au cours de l'amplification et de la détection).
02/2008, version 1.0
2.1
Contrôles externes fabriqués par Roche
Chaque batch requiert des contrôles externes fabriqués par Roche
(RMECs). Le nombre de contrôles externes fabriqués par Roche dépend
de chaque test.
Un test MPX comprend cinq substances à analyser. Cinq contrôles positifs
externes fabriqués par Roche et un contrôle négatif externe fabriqué par
Roche doivent être pipetés pour chaque batch. Au cours du pipetage, une
fraction aliquote du contrôle négatif est transférée vers le tube S dans la
position 19 de chaque portoir SK24. Puis une fraction aliquote de chaque
contrôle positif est transférée vers les tubes S dans les positions 20 à 24 de
chaque portoir SK24 (figure 2.2).
Contrôle négatif
Contrôles positifs
Figure 2.2
Contrôles externes fabriqués par Roche (pour test MPX) contenus dans un portoir SK24
Le pipetage des contrôles externes fabriqués par Roche a lieu avant
le pipetage des échantillons. Cela permet à l'opérateur de corriger
toute erreur de pipetage des contrôles avant de commencer le
pipetage des échantillons.
Les contrôles externes fabriqués par Roche sont toujours placés
dans les dernières positions de chaque portoir SK24 de manière à ce
que l'ensemble du processus d'analyse, de l'extraction à
l'amplification et à la détection, soit surveillé par des échantillons
de contrôle.
2.2
02/2008, version 1.0
Pipetage
Contrôles externes définis par l'utilisateur
Le système cobas s 201 permet d'attribuer jusqu'à cinq contrôles externes
définis par l'utilisateur à chaque test. Les conditions nécessaires à
l'utilisation de contrôles externes définis par l'utilisateur, y compris le
nom du contrôle, l'ID de code-barres, le numéro de lot et la position des
contrôles externes définis par l'utilisateur dans le portoir SK24, sont
spécifiées par l'administrateur de laboratoire.
Une fois que les contrôles externes définis par l'utilisateur sont attribués à
un test particulier, l'opérateur peut décider de les inclure ou non dans une
analyse de pipetage.
S'ils sont inclus dans une analyse de pipetage, les contrôles externes
définis par l'utilisateur sont toujours pipetés dans le premier
portoir SK24.
Les contrôles externes définis par l'utilisateur sont définis dans les écrans
et rapports des logiciels PDM Pooling Manager et PDM Data Manager de
Roche.
02/2008, version 1.0
2.3
Plaques à puits profonds
Des plaques à puits profonds identiques sont utilisées en tant que plaques
de stockage et plaques intermédiaires au cours du pipetage des grands
pools primaires (figure 2.3).
Chaque plaque à puits profonds présente une étiquette code-barres
unique.
Plaque de stockage
Il est possible de préparer une plaque de stockage au cours d'un pooling
primaire afin de stocker une fraction aliquote de chaque tube
d'échantillon de donneur au cas où un pooling secondaire s'avère
nécessaire.
Il est possible d'exécuter un pooling secondaire directement depuis
les tubes d'échantillon de donneur si aucune plaque de stockage
n'est préparée ou si un puits particulier de la plaque de stockage est
hors d'usage.
L'utilisation d'une plaque de stockage est une option configurée
lors de l'installation.
La position de puits occupée par un échantillon sur la plaque de
stockage est fonction du nombre d'échantillons contenus dans
l'analyse et du type de pooling exécuté.
Plaque intermédiaire
Une plaque intermédiaire est requise lors du pipetage de grands pools
primaires. La plaque intermédiaire contient des pools provisoires de
12 spécimens qui sont ensuite associés pour former un grand pool
primaire.
Des informations détaillées sur le pipetage des grands pools
primaires sont fournies dans la section suivante.
Figure 2.3
Plaque de stockage et plaque intermédiaire
2.4
02/2008, version 1.0
Pipetage
Pools primaires
Un grand pool primaire est un pool à plusieurs spécimens (n = 24, 48 ou
96 échantillons de donneur) créé pour la première analyse des échantillons.
Le pipetage des grands pools primaires est un processus en deux étapes
comprenant 1) une analyse sur plaque et 2) une analyse de batch. Chaque
étape consiste en un cycle de pipetage distinct.
Analyse sur plaque
Au cours d'une analyse sur plaque, des fractions aliquotes issues de
groupes d'échantillons de donneur sont associées dans des puits de la
plaque intermédiaire pour créer des pools provisoires de 12 spécimens.
Le nombre d'échantillons de donneur chargés doit être un multiple de la
taille du dernier pool (24, 48 ou 96). Le nombre maximum d'échantillons
de donneur pouvant être pipeté dépend du pipetteur utilisé :
•
Il est possible de pipeter jusqu'à 864 échantillons de donneur
lorsque le pipetteur Hamilton Microlab STAR IVD est utilisé.
•
Il est possible de pipeter jusqu'à 384 échantillons de donneur
lorsque le pipetteur Hamilton Microlab STARlet IVD est utilisé.
Le pipetage lors d'une analyse sur plaque est résumé ci-dessous pour un
pool de 96 spécimens. Pour un pool de 24 ou 48 spécimens, le pipetage est
identique.
•
1 mL de chaque échantillon de donneur est aspiré depuis le premier
groupe de tubes d'échantillons de donneur et distribué dans les
puits d'une plaque de stockage. Le processus est ensuite répété avec
des fractions aliquotes de 700 µL provenant des mêmes tubes
d'échantillon de donneur, ce qui se traduit par un transfert de
fractions aliquotes de 1,7 mL d'échantillons de donneur dans les
puits correspondants de la plaque de stockage (figure 2.4).
•
135 µL sont aspirés des puits de la plaque de stockage et distribués
dans la première colonne de puits de la plaque intermédiaire
(utilisés pour stocker les pools provisoires) (figure 2.4).
Si aucune plaque de stockage n'est préparée, des fractions aliquotes
de 135 µL sont pipetées depuis les tubes d'échantillon de donneur
directement dans la plaque intermédiaire.
02/2008, version 1.0
2.5
1 mL +700 µL
135 µL
Portoir de tubes d'échantillon
de donneur à 32 positions
Position 32
Position 1
Plaque de stockage
Plaque intermédiaire
Figure 2.4
Pipetage du premier groupe d'échantillons de donneur au cours d'une analyse sur plaque
(Exemple d'une analyse sur plaque pour un pool primaire de 96 spécimens)
•
Le processus est ensuite répété avec le prochain groupe
d'échantillons de donneur. 1,7 mL de chaque échantillon de
donneur du groupe sont transférés dans les prochains puits
disponibles de la plaque de stockage, puis 135 µL sont aspirés de ces
puits de plaque de stockage et distribués dans la colonne de puits de
la plaque intermédiaire qui a accueilli le premier groupe
d'échantillons de donneur (figure 2.5).
•
Le processus se poursuit jusqu'à ce que tous les échantillons de
donneur compris dans le premier grand pool primaire aient été
pipetés et jusqu'à ce que les puits de la première colonne de la
plaque intermédiaire contiennent des fractions aliquotes de douze
échantillons de donneur.
•
L'ensemble du processus est alors répété pour créer des pools
provisoires pour chaque grand pool primaire et ce, à l'aide de puits
supplémentaires dans la plaque intermédiaire afin de pouvoir
accueillir les pools provisoires.
1 mL +700 µL
135 µL
Portoir de tubes d'échantillon
de donneur à 32 positions
Position 1
Plaque de stockage
Plaque intermédiaire
Position 32
Figure 2.5
Pipetage du prochain groupe d'échantillons de donneur au cours de l'analyse sur plaque
(Exemple d'une analyse sur plaque pour un pool primaire de 96 spécimens)
Au terme de l'analyse sur plaque, la ou les plaques de stockage contiennent
des fractions aliquotes de 1 565 mL de chaque tube d'échantillon de
donneur, et les puits de plaque intermédiaire utilisés contiennent chacun
des fractions aliquotes de 135 µL de douze tubes d'échantillon de donneur.
2.6
02/2008, version 1.0
Pipetage
Analyse de batch
Au cours d'une analyse de batch, des fractions aliquotes sont pipetées des
puits de la plaque intermédiaire vers les tubes S pour créer le grand pool
primaire (figure 2.6) :
•
Des fractions aliquotes de 500 µL provenant de deux puits sont
pipetées dans un tube S pour un pool primaire de 24 échantillons.
•
Des fractions aliquotes de 250 µL provenant de quatre puits sont
pipetées dans un tube S pour un pool primaire de 48 échantillons.
•
Des fractions aliquotes de 125 µL provenant de huit puits sont
pipetées dans un tube S pour un pool primaire de 96 échantillons.
125 µL
Plaque intermédiaire
Figure 2.6
Pipetage de deux pools de 96 spécimens au cours d'une analyse de batch
Il est possible de charger des plaques intermédiaires provenant de
plusieurs analyses sur plaque. Le nombre maximum de plaques
intermédiaires pouvant être pipeté dépend du pipetteur utilisé :
02/2008, version 1.0
•
Il est possible de pipeter jusqu'à 5 plaques intermédiaires lorsque le
pipetteur Hamilton Microlab STAR IVD est utilisé.
•
Il est possible de pipeter jusqu'à 4 plaques intermédiaires lorsque le
pipetteur Hamilton Microlab STARlet IVD est utilisé.
2.7
Analyse de batch de répétition
Une analyse de batch de répétition permet de créer un autre grand pool
primaire pour remplacer celui présentant un résultat de test invalide.
L'analyse de batch de répétition se sert de la plaque intermédiaire créée au
cours de la première étape (analyse sur plaque) de l'analyse du pool
primaire d'origine.
Les échantillons d'une analyse de batch de répétition doivent être
pipetés depuis la plaque intermédiaire. Si un puits de la plaque
intermédiaire n'est pas disponible, les échantillons sont
programmés pour un pooling de résolution.
Ne chargez qu'une seule plaque intermédiaire pour effectuer une
analyse de batch de répétition.
Au cours d'une analyse de batch de répétition, des fractions aliquotes
issues des mêmes puits de plaque intermédiaire que ceux utilisés pour
créer le grand pool primaire d'origine (figure 2.6) sont pipetées dans des
tubes S pour créer le pool primaire de remplacement (figure 2.7).
250 µL
Plaque intermédiaire
Figure 2.7
Analyse de batch de répétition pour un pool primaire de 48 spécimens
2.8
02/2008, version 1.0
Pipetage
Pooling en 2D
Le pooling en 2D (pooling en deux dimensions) sert à réanalyser les
échantillons provenant de grands pools primaires réactifs. Au cours du
pooling en 2D, chaque échantillon est pipeté dans deux pools différents à
l'aide d'une méthode de distribution d'échantillon (figure 2.8) permettant
d'identifier le ou les échantillons non réactifs après une seule analyse.
Plaque de stockage
Pools de six spécimens
Positions 1 à 8 sur un tube S
Pool primaire 1
Pool primaire 2
Pools de huit spécimens
Positions 9 à 14 sur un tube S
Figure 2.8
Distribution des échantillons dans des pools en 2D
(Exemple d'un pooling en 2D pour un pool primaire de 48 spécimens)
Les échantillons provenant d'un seul pool primaire peuvent être
traités au cours d'un pooling en 2D.
Le nombre de pools 2D créés dépend de la taille du grand pool primaire
réactif :
02/2008, version 1.0
Taille du
pool
Nombre de pools 2D
Fraction aliquote de
chaque échantillon
24
4 pools de 6 spécimens
6 pools de 4 spécimens
167 µL
250 µL
48
8 pools de 6 spécimens
6 pools de 8 spécimens
167 µL
125 µL
96
Deux batch contenant chacun :
8 pools de 6 spécimens
167 µL
6 pools de 8 spécimens
125 µL
2.9
Le pipetage lors d'une analyse de pooling en 2D est résumé ci-dessous
pour un pool de 48 spécimens. Pour un pool de 24 ou 96 spécimens, le
pipetage lors d'un pooling en 2D est identique.
Si aucune plaque de stockage n'est utilisée, si un puits de plaque de
stockage est invalide ou si un puits de plaque de stockage contient
un volume insuffisant, les fractions aliquotes peuvent être pipetées
depuis les tubes d'échantillon de donneur.
•
Des fractions aliquotes de 167 µL d'échantillon de donneur sont
aspirées depuis quatre puits de la première colonne de la plaque de
stockage et distribuées dans quatre tubes S, en commençant par la
position 1 du portoir SK24 (figure 2.9).
•
Des fractions aliquotes de 125 µL d'échantillon de donneur sont
ensuite aspirées depuis ces mêmes quatre puits de plaque de
stockage et distribuées dans un tube S unique dans la position 9 du
portoir SK24.
•
Des fractions aliquotes de 167 µL d'échantillon de donneur sont
aspirées depuis quatre puits de la prochaine colonne de la plaque de
stockage et distribuées dans quatre tubes S, en commençant par la
position 5 du portoir SK24.
•
Des fractions aliquotes de 125 µL d'échantillon de donneur sont
aspirées depuis ces mêmes quatre puits de plaque de stockage et
distribuées dans un tube S unique dans la position 9 du
portoir SK24.
À ce stade, les tubes S situés dans les positions 1 à 8 du portoir SK24
contiennent chacun une fraction aliquote d'un échantillon de
donneur unique, et le tube S situé en position 9 contient une
fraction aliquote de huit échantillons de donneur (figure 2.9).
167 µL
125 µL
Plaque de stockage
Position 9
Figure 2.9
Pipetage des huit premiers puits
(Exemple d'un pooling en 2D pour un pool primaire de 48 spécimens)
2.10
02/2008, version 1.0
Pipetage
•
Le processus est ensuite répété pour les huit prochains puits de la
plaque de stockage. Des fractions aliquotes de 167 µL d'échantillon
de donneur sont de nouveau distribuées dans les tubes S situés aux
positions 1 à 8 du portoir SK24. En outre, des fractions aliquotes de
125 µL sont distribuées dans un tube S unique situé dans la
position 10 du portoir SK24 (figure 2.10).
•
Le processus se poursuit jusqu'à ce que tous les échantillons aient
été pipetés.
Lorsque l'analyse est terminée, les tubes S situés dans les positions
1 à 8 du portoir SK24 contiennent chacun des fractions aliquotes
de six échantillon de donneur, et les tubes S situés dans les
positions 9 à 14 contiennent chacun des fractions aliquotes de huit
échantillons de donneur.
167 µL
125 µL
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.10
Pipetage des huit prochains puits
(Exemple d'un pooling en 2D pour un pool primaire de 48 spécimens)
02/2008, version 1.0
2.11
Pooling de confirmation
Un pooling de confirmation sert à réanalyser des échantillons provenant
de grands pools primaires réactifs lorsque plusieurs signes (p. ex. un test
sérologique positif) indiquent qu'un ou plusieurs échantillons du pool
primaire sont réactifs.
Le pooling de confirmation sert aussi à réanalyser des petits pools.
Les échantillons susceptibles d'être réactifs sont pipetés dans des pools
individuels. Les échantillons restants sont mis en pools à plusieurs
spécimens (figure 2.11).
Plaque de stockage
Pools à plusieurs spécimens
Positions 1 à 4 sur un tube S
Pool primaire 1
Pools à spécimen unique
Positions 5 à 8 sur un tube S
Pool primaire 2
Figure 2.11
Distribution des échantillons dans des pools de confirmation
(Exemple d'un pooling de confirmation pour un pool primaire de 48 spécimens)
Les échantillons provenant d'un seul pool primaire peuvent être
traités au cours d'une analyse de pooling de confirmation.
Il est possible de sélectionner jusqu'à quatre échantillons d'un pool
primaire de 48 ou 96 échantillons pour les pipeter dans des pools à
spécimen unique. Il est possible de sélectionner jusqu'à deux
échantillons d'un pool primaire de 24 échantillons pour les pipeter
dans des pools à spécimen unique.
Les pools à plusieurs spécimens sont préparés sous forme de pools de 12,
11, 6 ou 4 spécimens en fonction : 1) du nombre d'échantillons dans le
pool primaire et 2) du nombre d'échantillons de donneur sélectionnés
pour le test individuel. Le volume d'échantillon aspiré pour chaque taille
de pool à plusieurs spécimens est indiqué ci-dessous :
2.12
02/2008, version 1.0
Pipetage
Taille du pool à plusieurs
spécimens
Fraction aliquote de chaque
échantillon
12 spécimens
92 µL
11 spécimens
92 µL
6 spécimens
167 µL
4 spécimens
250 µL
Le pipetage au cours d'un pooling de confirmation est résumé ci-dessous :
Si aucune plaque de stockage n'est utilisée, si un puits de plaque de
stockage est invalide ou si un puits de plaque de stockage contient
un volume insuffisant, les fractions aliquotes peuvent être pipetées
depuis les tubes d'échantillon de donneur.
•
Les fractions aliquotes (92 µL, 167 µL ou 250 µL) d'échantillons de
donneur sont aspirées depuis les puits du premier groupe de puits
de plaque de stockage supposés non réactifs. Chaque échantillon
pipeté est distribué dans un tube S, en commençant par la position 1
d'un portoir SK24.
•
Le processus est répété en ignorant les puits (ou tubes d'échantillon
de donneur) de tout échantillon de donneur supposé être réactif
(figure 2.12).
92 µL
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.12
Pipetage des pools de confirmation supposés être non réactifs
(Exemple d'un pooling de confirmation pour un pool primaire de 48 spécimens)
02/2008, version 1.0
2.13
•
Une fois que toutes les fractions aliquotes des échantillons de
donneur supposés non réactifs ont été pipetées, des fractions
aliquotes de 1 mL des échantillons de donneur supposés réactifs
sont aspirées de leurs puits (ou tubes d'échantillon de donneur) et
distribuées dans des tubes S individuels (figure 2.13).
1 mL
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.13
Pipetage des pools individuels supposés réactifs
(Exemple d'un pooling de confirmation pour un pool primaire de 48 spécimens)
2.14
02/2008, version 1.0
Pipetage
Pooling de résolution
Un pooling de résolution correspond à un pool à spécimen unique créé
pour 1) des échantillons présentant des erreurs de pipetage au cours de
l'analyse de pooling primaire ou 2) des échantillons contenus dans un
pool de confirmation réactif ou pool 2D réactif. Un pool de résolution se
prépare en pipetant une fraction aliquote d'un échantillon issu d'un puits
de plaque de stockage vers le tube S de cet échantillon.
L'administrateur de laboratoire peut également décider d'utiliser
un pooling de résolution pour résoudre les résultats invalides.
L'échantillon peut être aspiré depuis le tube d'échantillon de
donneur si aucune plaque de stockage n'est disponible ou si le puits
de la plaque de stockage de cet échantillon de donneur est invalide.
Il est possible de traiter jusqu'à 36 échantillons au cours d'une
analyse de pooling de résolution.
Au cours d'un pooling de résolution, 1 mL d'un échantillon est pipeté d'un
puits de la plaque de stockage vers un tube S unique.
1 mL
Puits sélectionnés
pour un pooling de résolution
Plaque de stockage
Portoir SK24
Figure 2.14
Pipetage des pools de résolution
02/2008, version 1.0
2.15
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2.16
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