illumina NextSeq 500 Manuel utilisateur

Guide du système NextSeqMD 500
Destiné à la recherche uniquement.
Ne pas utiliser dans le cadre d’examens diagnostiques.
EXCLUSIF À ILLUMINA
Réf. SY-415-9001DOC
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Octobre 2015
Avec Custom Protocol Selector, élaborez un document de référence
personnalisé, court et inclusif à partir de votre flux de travail
support.illumina.com/custom-protocol-selector.html
Ce document et son contenu sont exclusifs à Illumina, Inc. et ses sociétés affiliées (« Illumina »), et sont exclusivement destinés
à l’usage contractuel de son client dans le cadre de l’utilisation du ou des produits décrits dans les présentes et à aucune autre
fin. Ce document et son contenu ne seront utilisés ou distribués à aucune autre fin et/ou communiqués, divulgués ou
reproduits d’aucune façon sans le consentement écrit préalable d’Illumina. Illumina ne cède aucune licence en vertu de son
brevet, de sa marque de commerce, de son copyright, ou de ses droits traditionnels ni des droits similaires d’un tiers
quelconque par ce document.
Les instructions contenues dans ce document doivent être suivies strictement et explicitement par un personnel qualifié et
adéquatement formé de façon à assurer l’utilisation correcte et sûre du ou des produits décrits dans les présentes. Le contenu
intégral de ce document doit être lu et compris avant d’utiliser ces produits.
LE MANQUEMENT À LIRE COMPLÈTEMENT ET À SUIVRE EXPLICITEMENT TOUTES LES INSTRUCTIONS
CONTENUES DANS LES PRÉSENTES POURRA CAUSER DES DOMMAGES AUX PRODUITS, DES BLESSURES AUX
PERSONNES, UTILISATEURS OU AUTRES, ET DES DOMMAGES AUX AUTRES BIENS.
ILLUMINA DÉCLINE TOUTE RESPONSABILITÉ DÉCOULANT D’UNE UTILISATION INAPPROPRIÉE DU OU DES
PRODUIT(S) DÉCRIT(S) DANS LA PRÉSENTE (Y COMPRIS LEURS COMPOSANTES ET LE LOGICIEL).
© 2015 Illumina, Inc. Tous droits réservés.
Illumina, 24sure, BaseSpace, BeadArray, BlueFish, BlueFuse, BlueGnome, cBot, CSPro, CytoChip, DesignStudio,
Epicentre, ForenSeq, Genetic Energy, GenomeStudio, GoldenGate, HiScan, HiSeq, HiSeq X, Infinium, iScan, iSelect,
MiSeq, MiSeqDx, MiSeq FGx, NeoPrep, NextBio, Nextera, NextSeq, Powered by Illumina, SureMDA, TruGenome,
TruSeq, TruSight, Understand Your Genome, UYG, VeraCode, verifi, VeriSeq, la couleur orange citrouille et la conception
de bases en flux continu sont des marques de commerce d’Illumina, Inc. ou de ses sociétés affiliées aux États-Unis ou dans
d’autres pays. Tous les autres noms, logos et marques de commerce sont la propriété de leurs détenteurs respectifs.
ii
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Historique des révisions
Document
Support nº 20001879
Document nº 15046563
v01
Date
Octobre 2015
Description des modifications
Spécification : un équivalent du fournisseur de NaOCl
recommandé est un équivalent de laboratoire.
Ajout d’une recommandation pour le service de
maintenance préventive annuel.
Réorganisation des renseignements dans les chapitres
Présentation et Premiers pas. Ajout d’instructions de
personnalisation des paramètres du système.
Retrait des instructions d’aide en direct du chapitre
Dépannage. Cette option a été supprimée du logiciel de
commande.
15046563 I
Mai 2015
Correction de la description des réservoirs réservés de la
cartouche de réactifs.
15046563 H
Mai 2015
Correction du volume de Tween 20 présent dans la solution
de lavage utilisée pour les lavages manuels.
Restructuration des renseignements concernant les options
de configuration du système.
Déplacement des renseignements concernant le logiciel RealTime Analysis vers l’annexe A.
Guide du système NextSeq 500
iii
Document
Date
15046563 G
Février 2015
Mise à jour des descriptions de logiciel pour la version 1.4. du
NextSeq Control Software.
• Ajout d’options de lavage manuel : Quick Wash (Lavage
rapide) et Manual Post-Run Wash (Lavage manuel après
analyse).
• Ajout de la description des fonctionnalités de
personnalisation de l’analyse afin d’éliminer les
consommables à la fin de l’analyse et d’ignorer la
confirmation de la vérification avant analyse.
• Ajout d’option permettant d’annuler et de redémarrer une
vérification avant analyse.
• Ajout d’option permettant d’activer le suivi de l’analyse en
mode autonome.
• Suppression des descriptions des fichiers de décalage et de
mise en phase, qui ne sont plus écrits dans le dossier
d’analyse.
• Mise à jour de l’image du scatter plot afin d’afficher des
définitions de base réparties de façon plus uniforme lors de
l’utilisation de la version 1.4 du logiciel du système.
• Ajout de la description du service de copie d’analyse.
• Ajout d’option d’utilisation d’un primer personnalisé pour
l’index 2, qui est possible avec la Trousse NextSeq 500 v2.
Pour plus de renseignements, consultez le Guide des
primers personnalisés NextSeq (document nº 15057456).
Mise à jour des instructions de préparation des réactifs en
vue de l’utilisation de la Trousse NextSeq 500 v2 :
suppression d’étapes de chargement manuelles
d’hypochlorite de sodium et de primers à indexage double
dans la cartouche de réactifs. Ces réactifs sont pré-chargés
dans la cartouche de réactifs v2. Pour plus de
renseignements, consultez le Guide de référence des trousses
du système NextSeq 500/550 v2 (document nº 15058065).
Ajout de la section Consommables pour le séquençage qui
répertorie les versions des trousses, les versions NCS
compatibles, ainsi que le nom et la référence du guide de
référence de la trousse associée.
Mise à jour des consommables fournis par l’utilisateur :
spécification de l’utilisation du NaOCl pour les options de
lavage manuel introduites dans le système NCS v1.4.
Correction des exigences relatives aux amplifiats passant par
le filtre afin de ne pas dépasser une définition des bases en
dessous de la valeur de pureté dans les 25 premiers cycles.
Ajout de 120 ml d’eau de laboratoire aux instructions de
vérification du système.
15046563 F
Septembre 2014
Correction des descriptions des fonctionnalités de la
version 1.3 du NextSeq Control Software.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques (SDS) :
support.illumina.com/sds.html.
Mise à jour des marquages des produits NextSeq de MC à MD .
iv
Description des modifications
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Date
15046563 E
Août 2014
Mise à jour des descriptions de logiciel pour la version 1.3 du
NextSeq Control Software :
• Mises à jour des descriptions des commandes de
personnalisation du système et des mises à jour du logiciel
sur l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument).
• Mise à jour de la description de l’écran Pre-Run Check
(Vérification avant analyse), qui groupe les éléments
vérifiés en quatre catégories extensibles.
• Mise à jour des instructions de l’aide en direct pour un
accès à l’aide en direct à partir de l’URL. L’icône s’affichant
sur l’écran d’accueil n’est pas disponible dans le NCS v1.3.
• Ajout de la procédure de réhybridation sur instrument
pour la réhybridation du primer de lecture 1. L’option de
réhybridation d’une Flow Cell est compatible avec le
NCS version 1.3 ou ultérieure et nécessite une nouvelle
cartouche de réactifs et une nouvelle cartouche de tampon.
Ajout du Guide des primers personnalisés NextSeq (document
nº 15057456) à la liste des ressources supplémentaires.
15046563 D
Juin 2014
Ajout des instructions de chargement du BP13 en position
nº 18 de la cartouche de réactifs lors de la réalisation
d’analyses à index double.
Correction du cycle auquel apparaissent les données
métriques de densité des amplifiats, qui est le cycle 25.
Correction des positions de la cartouche de réactifs pour les
primers personnalisés en positions nº 7 (lecture 1), nº 8
(lecture 2) et nº 9 (index 1).
Ajout d’une remarque concernant les dommages potentiels
lors du changement de l’emplacement de l’instrument après
installation. Communiquez toujours avec votre représentant
Illumina avant de changer l’emplacement de votre
instrument.
Mise à jour de l’URL pour les fiches signalétiques (SDS) :
support.illumina.com/sds.ilmn.
Guide du système NextSeq 500
Description des modifications
v
Historique des révisions
Document
Document
Date
15046563 C
Avril 2014
vi
Description des modifications
Mise à jour des descriptions de logiciel, qui sont passées au
NextSeq Control Software v1.2 et au RTA v2.1 :
• Ajout du nom de la formule NextSeq Mid à utiliser avec la
trousse de rendement moyen NextSeq 500.
• Suppression des instructions invitant à ajouter du NaOCl à
la cartouche de lavage du tampon pour un lavage manuel.
• Correction du volume de NaOCl qui passe à 3 ml pour la
position 28 de la cartouche de réactifs pour le lavage
automatique après analyse.
• Mention de l’affichage des noms d’analyses longs dans un
champ de défilement sur l’écran Run Setup (Configuration
de l’analyse).
• Indication selon laquelle RTA v2 n’applique pas de
corrections de la mise en phase et de la préphase aux
lectures d’index.
• Ajout de la description des fichiers de journaux aux listes
de fichiers utilisés pour le dépannage.
• Ajout d’instructions pour vider un réservoir à réactifs
usagés plein au cours d’une analyse.
• Ajout de la description de dossiers de formules,
notamment l’emplacement de formules personnalisées.
• Ajout de la description des vérifications thermiques des
ventilateurs et des sondes thermiques.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Date
15046563 B
Février 2014
Mise à jour des descriptions du NextSeq Control Software,
passé à la v1.1 :
• Ajout de la fonction de recherche sur l’écran Run Setup
(Configuration de l’analyse) pour le filtrage des analyses
disponibles.
• Ajout des formules disponibles, incluant NextSeq High ou
NextSeq Mid, en fonction du type de Flow Cell.
• Note indiquant que les mises à jour du logiciel
comprennent l’accord de licence, les notes de mise à jour et
la liste des logiciels à mettre à jour.
• Ajout de la description du message d’erreur RAID.
• Note indiquant qu’un bouton Exit (Quitter) ferme le NSS et
redémarre le NCS automatiquement à la fin d’un contrôle
du système.
Ajout d’une durée de stockage des réactifs allant jusqu’à
une semaine à 4 °C.
Nouvelle inscription sur la cartouche de réactifs pour le
réservoir nº 10 : Load Library Here (Charger la librairie ici).
Mise à jour de la liste des consommables fournis par
l’utilisateur : précision de l’hypochlorite de sodium à 3 à 6 %
et ajout du numéro de référence du fournisseur.
Mise à jour des instructions de préparation de la solution de
NaOCl diluée à 0,06 % pour les lavages de l’instrument :
réduction de volume à 2 ml et concentration de démarrage
de 3 à 6 %.
Ajout d’illustrations pour montrer la bonne et la mauvaise
position de l’attache sur la Flow Cell.
Mise à jour du chapitre sur l’analyse temps réel afin d’inclure
une présentation de RTA v2, la structure du dossier de sortie
et la procédure de définition des bases.
Mise à jour du chapitre sur le dépannage afin d’inclure les
erreurs RTA v2 et d’ajouter les fichiers RunParameters.xml
dans la liste des fichiers de dépannage.
15046563 A
Janvier 2014
Publication originale.
Guide du système NextSeq 500
Description des modifications
vii
Historique des révisions
Document
viii
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Table des matières
Historique des révisions
Table des matières
Chapitre 1 Présentation
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des consommables de séquençage
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrage de l’instrument
Personnaliser les paramètres du système
Personnaliser les paramètres de l’analyse
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Chapitre 3 Séquençage
Introduction
Flux de travail de séquençage
Préparer la cartouche de réactifs
Préparer la Flow Cell
Préparer des librairies pour le séquençage
Configurer une analyse de séquençage
Surveiller la progression de l’analyse
Lavage automatique après analyse
Chapitre 4 Maintenance
Introduction
Effectuer un lavage manuel
Mises à jour logicielles
Arrêter l’instrument
Annexe A Dépannage
Introduction
Fichiers de dépannage
Résoudre les erreurs de vérification automatique
Réservoir à réactifs usagés plein
Flux de travail de réhybridation
Formules personnalisées et dossiers de formules
Vérification du système
Message d’erreur RAID
Configurer les paramètres du système
Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Fichiers de sortie de séquençage
Plaques de la Flow Cell
Structure du dossier de sortie
Guide du système NextSeq 500
iii
ix
1
2
3
4
7
11
12
13
14
15
17
18
19
20
21
23
24
30
32
33
34
35
38
40
41
42
43
44
46
47
50
51
54
55
57
58
60
63
65
68
ix
Index
69
Assistance technique
73
x
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Chapitre 1 Présentation
Introduction
Ressources supplémentaires
Composants de l’instrument
Présentation des consommables de séquençage
Guide du système NextSeq 500
2
3
4
7
1
Chapitre 1
Présentation
Présentation
Introduction
Le système NextSeqMD 500 d’IlluminaMD allie la puissance du séquençage à haut débit à la
simplicité d’un instrument de séquençage de bureau.
Fonctionnalités
}
}
}
}
2
Séquençage à débit élevé : le système NextSeq 500 permet de réaliser un séquençage
des exomes, du génome entier et du transcriptome, et prend en charge les
librairies TruSeqMD et NexteraMD.
Types de Flow Cell : les Flow Cells sont disponibles dans des configurations pour
moyen débit et haut débit. Chaque type de Flow Cell est doté d’une cartouche de réactif
compatible pré-remplie.
Real-Time Analysis (RTA) : ce logiciel d’analyse intégré exécute l’analyse des données
sur instrument, ce qui comprend l’analyse d’images et la définition des bases.
Le système NextSeq utilise une version de RTA appelée RTA v2, qui comporte
d’importants changements en matière d’architecture et de fonctionnalités. Pour plus de
renseignements, consultez la section Real-Time Analysis à la page 57.
Intégration de BaseSpaceMD : le flux de travail de séquençage est intégré à BaseSpace,
l’environnement informatique consacré à la génomique d’Illumina pour l’analyse des
données, leur stockage et leur partage. Pour les instruments configurés pour BaseSpace,
les renseignements sur les librairies et les paramètres d’analyse sont précisés dans
l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace. Les analyses configurées dans BaseSpace
s’affichent dans l’interface de l’instrument pendant la configuration de l’analyse. Au
cours de l’analyse, les fichiers de sortie sont transférés en temps réel vers BaseSpace ou
BaseSpace Onsite.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Les documents suivants sont disponibles en téléchargement dans le site Web d’Illumina.
Ressource
Description
Guide de préparation du site du
système NextSeq (document
nº 15045113)
Fournit les spécifications relatives à l’espace de laboratoire, les
exigences électriques et les considérations environnementales.
Guide de sécurité et de conformité
du système NextSeq (document
nº 15046564)
Fournit des renseignements concernant les questions de
sécurité, les déclarations de conformité et l’étiquetage de
l’instrument.
Guide de l’utilisateur du
lecteur RFID – modèle TR-001-44
(document nº 15041950)
Fournit des renseignements sur le lecteur RFID de
l’instrument, les certificats de conformité et les questions de
sécurité.
Dénaturation et dilution de
librairies pour le système NextSeq
(document nº 15048776)
Fournit des instructions concernant la dénaturation et la
dilution des librairies préparées pour une analyse de
séquençage et des instructions au sujet de la préparation d’une
librairie de contrôle PhiX facultative. Cette étape s’applique à
la plupart des types de librairies.
Guide des primers personnalisés
NextSeq (document nº 15057456)
Fournit des renseignements concernant l’utilisation de primers
de séquençage personnalisés à la place de primers de
séquençage d’Illumina.
Aide BaseSpace
(help.basespace.illumina.com)
Fournit des renseignements concernant l’utilisation de
BaseSpaceMD et des options d’analyse disponibles.
Consultez la page d’aide du système NextSeq 500 sur le site Web d’Illumina pour accéder à
la documentation, aux téléchargements de logiciels, à la formation en ligne et aux foires
aux questions.
Guide du système NextSeq 500
3
Ressources supplémentaires
Ressources supplémentaires
Présentation
Composants de l’instrument
Le système NextSeq 500 comprend un moniteur tactile, une barre d’état et trois
compartiments.
Figure 1 Composants de l’instrument
A
B
C
D
E
Compartiment d’imagerie : contient la Flow Cell pendant une analyse de séquençage.
Moniteur tactile : active la configuration sur instrument et la configuration à l’aide de
l’interface du logiciel de commande.
Barre d’état : indique si l’instrument est en cours de traitement (bleu), nécessite une attention
particulière (orange) ou est prêt pour le séquençage (vert) ou lorsqu’un lavage doit être
effectué dans les prochaines 24 heures (jaune).
Compartiment du tampon : contient la cartouche de tampon et le réservoir de réactifs
usagés.
Compartiment de réactifs : contient la cartouche de réactifs.
Compartiment d’imagerie
Le compartiment d’imagerie contient la platine, qui comprend trois broches d’alignement
pour le placement de la Flow Cell. Après le chargement de la Flow Cell, la porte du
compartiment d’imagerie se ferme automatiquement et place les composants correctement.
Compartiments des réactifs et du tampon
Pour paramétrer une analyse de séquençage sur le NextSeq 500, vous devez accéder au
compartiment des réactifs et au compartiment du tampon pour charger les consommables
de l’analyse et vider le réservoir à réactifs usagés.
4
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
A
B
C
D
E
Porte du compartiment des réactifs : elle ferme le compartiment des réactifs à l’aide d’un
verrou qui se trouve sous le coin inférieur droit de la porte. Le compartiment des réactifs
contient la cartouche de réactifs. Les réactifs sont pompés par les dispositifs d’aspiration, le
système fluidique et la Flow Cell.
Cartouche de réactifs : la cartouche de réactifs est un consommable à usage unique prérempli.
Cartouche du tampon : la cartouche du tampon est un consommable à usage unique prérempli.
Réservoir à réactifs usagés : les réactifs usagés sont recueillis pour leur mise au rebut après
chaque analyse.
Porte du compartiment du tampon : elle ferme le compartiment du tampon à l’aide d’un
verrou qui se trouve sous le coin inférieur gauche de la porte.
Logiciel NextSeq
Le logiciel de l’instrument comprend des applications intégrées qui réalisent des analyses
de séquençage.
} NextSeq Control Software (NCS) : l’interface du logiciel de commande vous guide tout
au long des étapes de configuration d’une analyse de séquençage.
} Logiciel Real-Time Analysis (RTA) : RTA effectue l’analyse d’image et la définition
des bases lors de l’analyse. Le NextSeq 500 utilise RTA v2, qui comprend d’importants
changements d’architecture et de fonctionnalités par rapport aux versions plus
anciennes. Pour plus de renseignements, consultez la section Real-Time Analysis à la
page 57.
Icônes d’état
Une icône d’état située dans le coin supérieur droit de l’interface du logiciel de commande
signale toute modification des conditions pendant la configuration de l’analyse ou pendant
l’analyse.
Icône d’état
Guide du système NextSeq 500
Nom de l’état
État correct
Description
Le système est normal.
Traitement
Le système est en cours de traitement.
5
Composants de l’instrument
Figure 2 Compartiments des réactifs et du tampon
Présentation
Icône d’état
Nom de l’état
Avertissement
Erreur
Description
Un avertissement a eu lieu.
Les avertissements n’interrompent pas une analyse et
ne nécessitent pas d’intervention pour la poursuite de
l’analyse.
Une erreur a eu lieu.
Les erreurs nécessitent une intervention avant la
poursuite de l’analyse.
Lorsqu’un changement de situation se produit, l’icône clignote afin de vous alerter.
Sélectionnez l’icône pour afficher une description du problème. Sélectionnez Acknowledge
(Accusé de réception) pour accepter le message et Close (Fermer) pour fermer la boîte de
dialogue.
Bouton d’alimentation
Le bouton d’alimentation situé sur la partie avant du NextSeq met sous tension
l’instrument et l’ordinateur de l’instrument. Il réalise les actions suivantes en fonction de
l’état de l’alimentation de l’instrument.
État de l’alimentation
Action
Instrument hors tension
Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre sous tension.
Instrument sous tension
Appuyez brièvement sur le bouton pour le mettre hors tension.
Une boîte de dialogue s’affiche à l’écran pour confirmer que
l’instrument s’est arrêté normalement.
Instrument sous tension
Appuyez et maintenez le bouton d’alimentation pendant
10 secondes pour provoquer un arrêt forcé de l’instrument et de
l’ordinateur de l’instrument.
Utilisez cette méthode pour mettre l’instrument hors tension
uniquement si l’instrument ne répond pas.
REMARQUE
Mettre l’instrument hors tension au cours d’une analyse de séquençage arrête
immédiatement celle-ci. L’arrêt d’une analyse est définitif. Les consommables de l’analyse ne
peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage de l’analyse ne sont pas
enregistrées.
6
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Pour effectuer une analyse de séquençage sur le NextSeq 500, une trousse
Trousse NextSeq 500 à usage unique est nécessaire. Chaque trousse comprend une
Flow Cell et les réactifs nécessaires à la réalisation d’une analyse de séquençage.
La Flow Cell, la cartouche de réactifs et la cartouche de tampon utilisent une identification
par radiofréquence (RFID) pour un suivi précis des consommables et pour des questions de
compatibilité.
Étiquetage de compatibilité de la trousse
Des codes de couleurs figurent sur les composants de la trousse, afin d’indiquer la
compatibilité des Flow Cell avec les cartouches de réactifs. Utilisez toujours une cartouche
de réactifs et une Flow Cell compatibles. La cartouche de tampon est universelle.
Toutes les Flow Cell et toutes les cartouches de réactifs sont étiquetées High (Élevé) ou Mid
(Moyen). Vérifiez toujours l’étiquette lorsque vous préparez les consommables pour une
analyse.
Type de trousse
Marquage sur
l’étiquette
Composants de la trousse de
débit élevé
Composants de la trousse de
débit moyen
Présentation de la Flow Cell
Figure 3 Cartouche de Flow Cell
A
B
C
Paire de lignes A : lignes 1 et 3
Paire de lignes B : lignes 2 et 4
Châssis de la cartouche de Flow Cell
La Flow Cell est un substrat de verre qui sert de support à la génération des amplifiats et à
la réaction de séquençage. La Flow Cell est enchâssée dans une cartouche de Flow Cell.
Guide du système NextSeq 500
7
Présentation des consommables de séquençage
Présentation des consommables de séquençage
Présentation
La Flow Cell contient quatre lignes qui sont imagées par paires.
} Les lignes 1 et 3 (paire de lignes A) sont imagées simultanément.
} Les lignes 2 et 4 (paire de lignes B) sont imagées lorsque l’imagerie de la paire de
lignes A est terminée.
Bien que la Flow Cell contienne quatre lignes, une seule librairie ou un seul ensemble de
librairies uniquement est séquencé sur la Flow Cell. Les librairies sont chargées sur la
cartouche de réactifs dans un réservoir unique et transférées automatiquement sur les
quatre lignes de la Flow Cell.
Chaque ligne est imagée par petites zones d’imagerie appelées plaques. Pour obtenir plus
de renseignements, consultez la section Plaques de la Flow Cell à la page 65.
Présentation de la cartouche de réactifs
La cartouche de réactifs est un consommable à usage unique doté d’un système de
suivi RFID et de réservoirs scellés par un opercule en aluminium, pré-remplis de réactifs
d’amplification et de séquençage.
Figure 4 Cartouche de réactifs
La cartouche de réactifs contient un réservoir désigné pour le chargement de librairies
préparées. Après le lancement de l’analyse, les librairies sont transférées automatiquement
du réservoir à la Flow Cell.
Plusieurs réservoirs sont réservés pour le lavage après analyse automatique. La solution de
lavage est pompée de la cartouche de tampon jusqu’aux réservoirs réservés, à travers le
système, puis jusqu’au réservoir de réactifs usagés.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse
de laboratoire. Manipulez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminezles conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre
région. Pour plus de renseignements sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la
fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
8
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Figure 5 Réservoirs numérotés
Position
7, 8 et 9
10
Description
Réservés pour des primers personnalisés facultatifs
Charger les librairies
Pour plus de renseignements concernant les primers personnalisés, consultez le Guide des
primers personnalisés NextSeq (document nº 15057456).
Réservoir amovible en position nº 6
La cartouche de réactifs préremplie comprend un réactif de dénaturation en position nº 6
qui contient du formamide. Pour faciliter l’élimination sûre de tout réactif non utilisé après
l’analyse de séquençage, le réservoir en position nº 6 est amovible. Pour obtenir plus de
renseignements, consultez Retirer le réservoir usagé de la position nº 6 à la page 27.
Présentation de la cartouche de tampon
La cartouche de tampon est un consommable à usage unique contenant trois réservoirs
préremplis de solutions tampon et d’une solution de lavage. Le contenu de la cartouche de
tampon est suffisant pour séquencer une Flow Cell.
Figure 6 Cartouche de tampon
Guide du système NextSeq 500
9
Présentation des consommables de séquençage
Réservoirs réservés
10
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Chapitre 2 Premiers pas
Démarrage de l’instrument
Personnaliser les paramètres du système
Personnaliser les paramètres de l’analyse
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Guide du système NextSeq 500
12
13
14
15
11
Chapitre 2
Premiers pas
Premiers pas
Démarrage de l’instrument
Basculez l’interrupteur en position I (Marche).
Figure 7 Interrupteur d’alimentation situé à l’arrière de l’instrument
1
Appuyez sur le bouton d’alimentation situé au-dessus du compartiment des réactifs.
Le bouton d’alimentation active l’alimentation de l’instrument et démarre l’ordinateur
et les logiciels intégrés à l’instrument.
Figure 8 Bouton d’alimentation situé à l’avant de l’instrument
12
2
Attendez le chargement complet du système d’exploitation.
Le NextSeq Control Software (NCS) démarre et lance automatiquement le système. À la
fin de l’étape d’initialisation, l’écran d’accueil s’ouvre.
3
Si votre système a été configuré de manière à nécessiter des identifiants d’ouverture de
session, ouvrez une session à l’aide du nom d’utilisateur et du mot de passe par
défaut :
} Nom d’utilisateur : sbsuser
} Mot de passe : sbs123
Sinon, ouvrez une session à l’aide des identifiants définis pour votre site.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Le logiciel de commande comporte des paramètres du système personnalisables pour les
options de démarrage, les préférences d’entrée, les paramètres audio et le nom de
l’instrument.
Sélectionner l’option de démarrage
1
Dans l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customisation (Personnalisation du système).
2
Sélectionnez l’une des options de démarrage suivantes :
} Sélectionnez Kiosk Mode (Mode kiosque) pour afficher l’interface du logiciel de
commande en plein écran.
} Sélectionnez Windows Mode (Mode Windows) pour accéder à Windows sur
l’ordinateur de l’instrument. Toute interaction avec l’interface du logiciel, comme par
exemple l’emplacement des boutons, risque d’être modifiée dans ce mode.
3
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et faire défiler l’écran.
Configurer l’option d’entrée et l’indicateur sonore
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customisation (Personnalisation du système).
2
Cochez la case Use on-screen keyboard (Utiliser le clavier sur l’écran) pour activer le
clavier sur l’écran pour l’entrée sur l’instrument.
3
Cochez la case Play audio (Lire les sons) afin d’activer les indicateurs sonores pour les
événements suivants.
} Lors de l’initialisation de l’instrument
} Lors du démarrage d’une analyse
} Lors de la survenue de certaines erreurs
} Lorsqu’une action de l’utilisateur est requise
} Lorsqu’une analyse est terminée
4
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et faire défiler l’écran.
Personnaliser l’identification de l’instrument
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customisation (Personnalisation du système).
2
Pour attribuer une image de votre choix à l’instrument, sélectionnez Browse (Parcourir)
et localisez l’image.
3
Saisissez un nom préféré pour l’instrument dans le champ Nick Name (Surnom).
4
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et faire défiler l’écran.
L’image et le nom apparaissent dans le coin supérieur gauche de chaque écran.
Guide du système NextSeq 500
13
Personnaliser les paramètres du système
Personnaliser les paramètres du système
Premiers pas
Personnaliser les paramètres de l’analyse
Le logiciel de commande contient des paramètres personnalisables pour les préférences de
configuration de l’analyse et l’élimination des réactifs inutilisés.
Configurer les options de configuration de l’analyse
1
Dans l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez
System Customization (Personnalisation du système).
2
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour passer à Run Customization (Personnalisation de
l’analyse).
3
Cochez la case Use Advanced Load Consumables (Utiliser les consommables de
chargement avancé) pour activer l’option permettant le chargement de tous les
consommables de l’analyse à partir d’un écran unique.
4
Cochez la case Skip Pre-Run Check Confirmation (Ignorer la confirmation de la
vérification avant analyse) pour démarrer automatiquement le séquençage une fois la
vérification avant analyse correctement effectuée.
5
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.
Configurer l’option d’élimination automatique
1
Depuis l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Customisation (Personnalisation du système).
2
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour passer à Run Customization (Personnalisation de
l’analyse).
3
Cochez la case Purge Consumables at End of Run (Éliminer les consommables à la fin
de l’analyse) pour éliminer automatiquement les réactifs inutilisés de la cartouche de
réactifs vers le réservoir des réactifs usagés après chaque analyse.
REMARQUE
L’élimination automatique des consommables ajoute une durée supplémentaire au flux de
travail.
4
14
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer les paramètres et quitter l’écran.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
L’équipement et les consommables suivants sont utilisés sur le NextSeq 500.
Consommables fournis par l’utilisateur pour les analyses de séquençage
Consommable
1 N NaOH
(hydroxyde de sodium)
Tris-HCl 200 mM, pH7
Lingettes alcoolisées,
isopropyle à 70 %
ou
Éthanol à 70 %
Gants jetables, sans talc
Chiffon de laboratoire peu
pelucheux
Fournisseur
Fournisseur de laboratoire
général
Fournisseur de laboratoire
général
VWR, nº de référence
95041-714
(ou équivalent)
Fournisseur de laboratoire
général
Fournisseur de laboratoire
général
VWR, nº de référence
21905-026
(ou équivalent)
Utilisation
Dénaturation de librairie, diluée
à 0,2 N
Dénaturation de librairie
Nettoyage de la Flow Cell et
usage général
Usage général
Nettoyage de la Flow Cell
Consommables fournis par l’utilisateur pour la maintenance de l’instrument
Consommable
NaOCl, 5 %
(hypochlorite de sodium)
Tween 20
Eau de laboratoire
Fournisseur
Sigma-Aldrich, nº de
référence 239305
(ou équivalent pour
laboratoire)
Sigma-Aldrich, nº de
référence P7949
Fournisseur de laboratoire
général
Utilisation
Lavage de l’instrument à l’aide
de la fonction de lavage manuel
après analyse; dilution à 0,12 %
Lavage de l’instrument à l’aide
des options de lavage manuel,
dilution à 0,05 %
Lavage de l’instrument (lavage
manuel)
Recommandations à propos de l’eau de laboratoire
Utilisez toujours de lʼeau de laboratoire pour réaliser des procédures sur l’instrument.
N’utilisez jamais d’eau courante ou d’eau désionisée. Voici des exemples d’eaux de
laboratoire acceptables :
} PW1 d’Illumina
} Eau 18 mégohms (MΩ)
} Eau Milli-Q
} Eau Super-Q
} Eau de qualité biologie moléculaire
Équipement fourni par l’utilisateur
Élément
Congélateur, de -15 à -25 °C, sans givre
Bac à glaçons
Réfrigérateur, de 2 à 8 °C
Guide du système NextSeq 500
Source
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
Fournisseur de laboratoire général
15
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
Consommables et équipement fournis par l’utilisateur
16
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Chapitre 3 Séquençage
Introduction
Flux de travail de séquençage
Préparer la cartouche de réactifs
Préparer la Flow Cell
Préparer des librairies pour le séquençage
Configurer une analyse de séquençage
Surveiller la progression de l’analyse
Lavage automatique après analyse
Guide du système NextSeq 500
18
19
20
21
23
24
30
32
17
Chapitre 3
Séquençage
Séquençage
Introduction
Pour effectuer une analyse de séquençage sur le NextSeq 500, préparez une cartouche de
réactifs et une Flow Cell, puis suivez les indications du logiciel pour configurer et démarrer
l’analyse. La génération d’amplifiats et le séquençage sont effectués sur instrument. Après
l’analyse, un lavage de l’instrument commence automatiquement à l’aide des composants
déjà chargés sur l’instrument.
Génération d’amplifiats
Lors de la génération d’amplifiats, les molécules d’ADN uniques sont liées à la surface de
la Flow Cell, puis subissent une amplification de façon à former des amplifiats.
Séquençage
Les amplifiats sont imagés à l’aide d’une chimie de séquençage à deux canaux et de
combinaisons de filtres propres à chacun des terminateurs de chaîne marqués par
fluorescence. Lorsque l’imagerie d’une plaque sur la Flow Cell est terminée, la plaque
suivante est imagée. Ce processus se répète pour chaque cycle de séquençage. Après
l’analyse de l’image, le logiciel définit les bases, les filtre et leur attribue un score de qualité.
Surveillez la progression et les statistiques de l’analyse à partir de l’interface du logiciel de
commande, de l’onglet Run (Analyse) dans BaseSpace ou d’un ordinateur en réseau
utilisant le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV). Consultez la section Visualiseur
d’analyse de séquençage à la page 31.
Analyse
Pendant la progression de l’analyse, le logiciel de commande transfère automatiquement
les fichiers de définition des bases (BCL) vers BaseSpace ou l’emplacement de sortie
indiqué pour l’analyse secondaire.
Plusieurs méthodes d’analyse sont disponibles en fonction de votre application. Pour plus
de renseignements, consultez l’Aide BaseSpace (help.basespace.illumina.com).
Durée de l’analyse de séquençage
La durée de l’analyse de séquençage dépend du nombre de cycles réalisés. La longueur de
lecture maximale est une analyse à lecture appariée comprenant 150 cycles par lecture
(2 x 150) plus jusqu’à huit cycles de chaque pour deux lectures d’index.
Pour les durées attendues et autres spécifications du système, consultez la page des
spécifications du système NextSeq 500 sur le site Web d’Illumina.
Nombre de cycles dʼune lecture
Lors d’une analyse de séquençage, une lecture comprend un cycle de plus que le nombre
de cycles analysés. Par exemple, une analyse de 150 cycles à lecture appariée effectue des
lectures de 151 cycles (2 × 151), pour un total de 302 cycles. À la fin de lʼanalyse,
2 x 150 cycles sont analysés. Le cycle supplémentaire est requis pour les calculs de la mise
en phase et de la préphase.
18
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Pour les configurations utilisant BaseSpace ou BaseSpace Onsite d’Illumina : configurez l’analyse
dans l’onglet Prep (Préparation) de BaseSpace. Consultez l’Aide BaseSpace
(help.basespace.illumina.com).
Préparez une nouvelle cartouche de réactifs : décongelez et inspectez.
Préparez une nouvelle Flow Cell : amenez à température ambiante, déballez et inspectez.
Dénaturez et diluez les librairies (ne s’applique pas à tous les types de librairies). Consultez
Dénaturation et dilution de librairies pour le système NextSeq (document nº 15048776).
Chargez la dilution de la librairie sur la cartouche de réactifs dans le réservoir nº 10.
À partir de l’interface logicielle, sélectionnez Sequence (Séquence) pour lancer les étapes de
configuration de l’analyse.
Chargez la Flow Cell.
Videz et rechargez le réservoir de réactifs usagés.
Chargez la cartouche de tampon et la nouvelle cartouche de réactifs.
Examinez les paramètres de l’analyse et les résultats de la vérification automatique.
Sélectionnez Start (Démarrer).
Surveillez votre analyse à partir de l’interface du logiciel de commande, de l’onglet Run
(Analyse) sur BaseSpace ou depuis un ordinateur en réseau utilisant le visualiseur d’analyse de
séquençage.
Un lavage de l’instrument démarre automatiquement lorsque le séquençage est terminé.
Guide du système NextSeq 500
19
Flux de travail de séquençage
Flux de travail de séquençage
Séquençage
Préparer la cartouche de réactifs
1
Retirez la cartouche de réactifs de son lieu de stockage à -25 à -15 °C.
2
Faites décongeler dans un bain d’eau à température ambiante jusqu’à décongélation
(environ 60 minutes). N’immergez pas la cartouche.
3
Tapotez doucement sur la paillasse pour éliminer l’eau de la base, puis séchez la base.
REMARQUE
[Autre méthode] Décongelez les réactifs en les laissant une nuit entre 2 et 8 °C. Il faut au
moins 18 heures aux réactifs pour décongeler complètement. À cette température, les réactifs
sont stables pendant une durée allant jusqu’à une semaine.
4
Retournez la cartouche cinq fois pour mélanger les réactifs.
5
Inspectez les positions 29, 30, 31 et 32 pour vérifier que les réactifs sont décongelés.
6
Tapotez doucement sur la paillasse pour réduire les bulles dʼair.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse
de laboratoire. Manipulez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminezles conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre
région. Pour plus de renseignements sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la
fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
20
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
1
Sortez un nouvel emballage de Flow Cell de son lieu de stockage à 2 à 8 °C.
2
Laissez l’emballage ouvert de la Flow Cell à température ambiante pendant
30 minutes.
REMARQUE
Si l’emballage en papier aluminium est intact, la Flow Cell peut rester à température
ambiante durant 12 heures. Évitez les modifications de température répétées de la
Flow Cell.
3
Sortez la Flow Cell de son emballage en aluminium.
Figure 9 Retrait de l’emballage en aluminium
4
Ouvrez l’emballage double coque en plastique transparent et sortez la Flow Cell.
Figure 10 Retirer de l’emballage double coque
5
Nettoyez la surface en verre de la Flow Cell à l’aide d’une lingette alcoolisée non
pelucheuse. Séchez le verre à l’aide d’un chiffon de laboratoire peu pelucheux.
Inspecter la Flow Cell
1
Assurez-vous que les ports de Flow Cell ne sont pas obstrués.
2
Vérifiez que les joints de port sont fixés et que les tenons en plastique blanc sont
visibles.
Guide du système NextSeq 500
21
Préparer la Flow Cell
Préparer la Flow Cell
Séquençage
Figure 11 Composants de la Flow Cell
A
B
C
D
E
3
Joints de port (4)
Pinces de maintien (4)
Pinces à ressort (4)
Châssis de la cartouche de Flow Cell
Plaque de support
Assurez-vous que les quatre pinces de maintien blanches sont bien encliquetées sur le
bord de la plaque de support noire.
Si la plaque n’est pas bien fixée sous les pinces, appuyez doucement sur la plaque de
support noire et sur le châssis de la cartouche blanche, jusqu’à ce que la plaque
s’enclenche sous les pinces.
Figure 12 Inspection des pinces de maintien
A
B
4
Mauvais positionnement : la pince de maintien n’est pas encliquetée sur le bord de la plaque
de support.
Bon positionnement : la pince de maintien est encliquetée sur le bord de la plaque de support.
Vérifiez que les quatre pinces métalliques à ressort sont positionnées à plat contre la
plaque de support noire.
Figure 13 Inspection des pinces à ressort
A
B
22
Mauvais positionnement : la pince à ressort n’est pas à plat contre la plaque de support.
Bon positionnement : la pince à ressort est à plat contre la plaque de support.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Le volume et la concentration de chargement de la librairie varient selon la version du
NCS que vous utilisez.
Version du logiciel de
commande
Volume de la
librairie
Concentration de la
librairie
NCS v1.3 ou ultérieure
1,3 ml
1,8 pM
NCS v1.2 ou antérieure
3 ml
3 pM
Dénaturer et diluer les librairies
Si cela est nécessaire pour votre type de librairie, dénaturez et diluez les librairies et ajoutez
une librairie de contrôle PhiX. Le volume et la concentration de chargement de la librairie
varient selon la version du NCS que vous utilisez. Pour plus de renseignements, consultez
Dénaturation et dilution de librairies pour le système NextSeq (document nº 15048776).
Charger des librairies sur la cartouche de réactifs
1
Nettoyez l’opercule en aluminium recouvrant le réservoir nº 10 étiqueté Load Library
Here (Charger la librairie ici) à l’aide d’un tissu non pelucheux.
2
Percez l’opercule à l’aide d’un embout de pipette de 1 ml propre.
3
Chargez les librairies dans le réservoir nº 10 étiqueté Load Library Here (Charger la
librairie ici). Évitez de toucher l’opercule en aluminium pendant le transfert du produit.
Figure 14 Charger les librairies
Guide du système NextSeq 500
23
Préparer des librairies pour le séquençage
Préparer des librairies pour le séquençage
Séquençage
Configurer une analyse de séquençage
1
Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquence).
La commande Sequence (Séquence) ouvre la porte du compartiment d’imagerie, libère
les consommables utilisés lors d’une analyse précédente et ouvre une série d’écrans de
configuration de l’analyse. Un court délai est normal.
Si l’instrument est configuré pour BaseSpace, vous êtes invité à vous connecter à
BaseSpace. Si l’instrument est configuré en mode autonome, l’étape suivante est le
chargement de la Flow Cell.
Se connecter à BaseSpace
1
Saisissez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe BaseSpace
2
Sélectionnez Next (Suivant).
Charger la Flow Cell
1
Retirez la Flow Cell usagée ayant servi à la précédente analyse.
2
Alignez la Flow Cell sur les broches d’alignement et placez-la sur la platine.
Figure 15 Charger la Flow Cell
24
3
Sélectionnez Load (Charger).
La porte se ferme automatiquement, l’identifiant de la Flow Cell s’affiche à l’écran et
les capteurs sont activés.
4
Sélectionnez Next (Suivant).
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
1
Retirez le réservoir à réactifs usagés et éliminez son contenu selon les normes en
vigueur.
Figure 16 Retirer le réservoir à réactifs usagés
REMARQUE
Placez votre autre main sous le contenant lorsque vous le retirez afin de le soutenir.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse
de laboratoire. Manipulez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminezles conformément aux normes de sécurité gouvernementales en vigueur dans votre
région. Pour plus de renseignements sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la
fiche signalétique de cette trousse, mise à votre disposition à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
2
Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon
jusqu’à la butée. Un déclic indique que le contenant est en place.
Figure 17 Charger le réservoir à réactifs usagés vide
Guide du système NextSeq 500
25
Configurer une analyse de séquençage
Vider le réservoir à réactifs usagés
Séquençage
Charger la cartouche de tampon
1
Retirez la cartouche de tampon usagée du compartiment supérieur.
2
Glissez une nouvelle cartouche de tampon dans le compartiment de tampon jusqu’à la
butée.
Un déclic indique que la cartouche est en position, l’identifiant de la cartouche de
tampon s’affiche à l’écran et le capteur est activé.
Figure 18 Charger la cartouche de tampon
3
Fermez la porte du compartiment de tampon et sélectionnez Next (Suivant).
Charger la cartouche de réactifs
1
Retirez la cartouche de réactifs usagée du compartiment de réactifs. Mettez au rebut les
contenus inutilisés conformément aux normes en vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent
survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux.
Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants
et une blouse de laboratoire. Manipulez les réactifs usagés comme des déchets
chimiques et éliminez-les conformément aux normes de sécurité gouvernementales
en vigueur dans votre région. Pour plus de renseignements sur l’environnement, la
santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse, mise à votre
disposition à l’adresse support.illumina.com/sds.html.
REMARQUE
Le réservoir à la position 6 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité
des réactifs inutilisés. Pour obtenir plus de renseignements, consultez Retirer le réservoir
usagé de la position nº 6 à la page 27.
2
26
Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à ce qu’elle
s’arrête, puis refermez la porte du compartiment de réactifs.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
3
Sélectionnez Load (Charger).
Le logiciel positionne automatiquement la cartouche (environ 30 secondes), l’identifiant
de la cartouche de réactifs s’affiche à l’écran et les capteurs sont activés.
4
Sélectionnez Next (Suivant).
Retirer le réservoir usagé de la position nº 6
1
Après avoir retiré la cartouche de réactifs usagés de l’instrument, retirez le couvercle de
protection en caoutchouc recouvrant la fente à côté de la position nº 6.
Figure 20 Position nº 6 amovible
A
B
Couvercle de protection en caoutchouc
Position nº 6
2
Appuyez sur l’onglet en plastique transparent, puis poussez vers la gauche pour éjecter
le réservoir.
3
Mettez le réservoir au rebut conformément aux normes de sécurité.
Indiquer les paramètres de l’analyse
Les étapes figurant sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) diffèrent selon la
configuration du système :
} BaseSpace ou BaseSpace Onsite : l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse)
indique les analyses configurées avec l’onglet Prep de BaseSpace. Si l’analyse prévue
n’apparaît pas sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), vérifiez qu’elle est
marquée pour séquençage dans BaseSpace.
} Autonome : l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) comporte des champs
permettant de définir les paramètres de l’analyse.
Guide du système NextSeq 500
27
Configurer une analyse de séquençage
Figure 19 Charger la cartouche de réactifs
Séquençage
Sélectionner une analyse disponible (configuration de BaseSpace)
1
Sélectionnez un nom d’analyse dans la liste des analyses disponibles.
Utilisez les flèches haut et bas pour faire défiler la liste ou saisissez le nom d’une
analyse dans le champ de recherche.
2
Sélectionnez Next (Suivant).
3
Confirmez les paramètres de l’analyse.
} Run Name(Nom de l’analyse) : le nom de l’analyse tel qu’attribué dans BaseSpace.
} Library ID (ID de librairie) : le nom des librairies groupées tel qu’attribué dans
BaseSpace.
} Recipe (Formule) : le nom de la formule, NextSeq High ou NextSeq Mid, en
fonction de la cartouche de réactifs utilisée pour l’analyse.
} Read Type (Type de lecture) : lecture unique ou appariée.
} Read Length (Longueur de la lecture) : le nombre de cycles par lecture.
} [Facultatif] Primers personnalisés, le cas échéant.
4
[Facultatif] Sélectionnez l’icône Edit
(Modifier) pour modifier les paramètres de
l’analyse. Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Save (Enregistrer).
} Run parameters (Paramètres d’analyse) : modifier le nombre de lectures ou le
nombre de cycles par lecture.
} Custom primers (Primers personnalisés) : modifier les réglages des primers
personnalisés utilisés. Pour plus de renseignements, consultez le Guide des primers
personnalisés NextSeq (document nº 15057456).
} Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) :
modifier ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après
l’analyse en cours.
5
Sélectionnez Next (Suivant).
Saisir des paramètres d’analyse (configuration autonome)
28
1
Saisissez le nom d’analyse de votre choix.
2
[Facultatif] Saisissez un identifiant de librairie de votre choix.
3
Sélectionnez une formule dans la liste déroulante Recipe (Formule). Seules les formules
compatibles sont répertoriées.
4
Sélectionnez un type de lecture, soit Single Read (Lecture unique), soit Paired End
(Lecture appariée).
5
Indiquez le nombre de cycles pour chaque lecture de l’analyse de séquençage.
} Read 1 (Lecture 1) : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles.
} Read 2 (Lecture 2) : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles. Cette valeur est
généralement identique au nombre de cycles de la lecture 1.
} Index 1 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 1 (i7).
} Index 2 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 2 (i5).
Le logiciel de commande confirme vos saisies à l’aide des critères suivants :
} Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre total de cycles permis.
} Les cycles de la lecture 1 sont supérieurs aux cinq cycles utilisés pour la génération
du modèle.
} Les cycles de lecture d’index ne dépassent pas les cycles de lecture 1 et de lecture 2.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
[Facultatif] Si vous utilisez des primers personnalisés, cochez la case correspondant
aux primers utilisés. Pour plus de renseignements, consultez le Guide des primers
personnalisés NextSeq (document nº 15057456).
} Read 1 (Lecture 1) : primer personnalisé pour la lecture 1.
} Read 2 (Lecture 2) : primer personnalisé pour la lecture 2.
} Index 1 : primer personnalisé pour l’index 1.
} Index 2 : primer personnalisé pour l’index 2.
7
[Facultatif] Sélectionnez l’icône Edit
(Modifier) pour modifier les paramètres de
l’analyse. Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Save (Enregistrer).
} Output folder location (Emplacement du dossier de sortie) : changer l’emplacement
du dossier de sortie pour l’analyse en cours. Sélectionnez Browse (Parcourir) pour
sélectionner l’emplacement réseau.
} Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) :
modifier ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après
l’analyse en cours.
} Use run monitoring for this run (Utiliser le suivi d’analyse pour cette analyse) :
modifier le réglage pour activer le suivi d’analyse dans BaseSpace.
8
Sélectionnez Next (Suivant).
Réviser la vérification automatisée
Le logiciel effectue une vérification automatisée du système. Lors de la vérification, les
indicateurs suivants s’affichent sur l’écran :
} Crochet gris : la vérification n’a pas été encore effectuée.
}
}
}
Icône
de progression : la vérification est en cours.
Crochet vert : la vérification a réussi.
Croix rouge : la vérification a échoué. Pour tous les éléments non validés, une action
est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section Résoudre les
erreurs de vérification automatique à la page 44.
Pour arrêter une vérification automatisée en cours, sélectionnez l’icône
située dans le
coin inférieur droit. Pour redémarrer la vérification, sélectionnez l’icône
reprend à la première vérification incomplète ou échouée.
. La vérification
Pour afficher les résultats de chaque vérification dans une catégorie, cliquez sur l’icône
d’agrandissement
de la catégorie.
Démarrer l’analyse
Une fois la vérification automatique terminée, sélectionnez Start (Démarrer). L’analyse de
séquençage commence.
Pour configurer le système afin de démarrer automatiquement l’analyse après une
vérification réussie, consultez la section Personnaliser les paramètres de l’analyse à la page 14.
Guide du système NextSeq 500
29
Configurer une analyse de séquençage
6
Séquençage
Surveiller la progression de l’analyse
1
Surveillez la progression, les intensités et les scores de qualité de l’analyse à mesure
que les indicateurs s’affichent à l’écran.
Figure 21 Progression et indicateurs de l’analyse de séquençage
Run Progress (Progression de l’analyse) : indique l’étape en cours et le nombre de cycles
réalisés pour chaque lecture. La longueur de la barre de progression n’est pas
proportionnelle au débit d’analyse de chaque étape. Utilisez le temps restant dans le coin
supérieur droit pour déterminer la durée exacte.
B Q-Score : indique la répartition des scores de qualité (Q-scores). Consultez Notation de la
qualité à la page 62.
C Intensity (Intensité) : indique la valeur de l’intensité des amplifiats du 90e percentile de
chaque plaque. Les couleurs du tracé indiquent chaque base : A est rouge, C, vert, G,
bleu et T, noir. Les couleurs correspondent aux indicateurs de bases utilisés dans le
logiciel d’analyse de séquençage (SAV).
D Cluster Density (K/mm²) (Densité des amplifiats [K/mm²]) : indique le nombre
dʼamplifiats détectés pour lʼanalyse.
E Clusters Passing Filter (%) (Amplifiats passant par le filtre [%]) : indique le pourcentage
d’amplifiats passant par le filtre. Consultez la section Amplifiats passant par le filtre à la
page 59.
F Estimated Yield (Gb) (Estimation de rendement [Gb]) : indique le nombre de bases
prévues pour l’analyse.
G Image de la Flow Cell : indique le processus en cours sur chaque paire de lignes. Une
paire de lignes est imagée tandis qu’une autre paire est à une étape de chimie.
A
REMARQUE
Après avoir sélectionné Home (Accueil), il est impossible de revenir en arrière pour afficher
les indicateurs de l’analyse. Toutefois, les indicateurs de l’analyse sont accessibles sur
BaseSpace ou consultables depuis un ordinateur autonome à l’aide du visualiseur d’analyse
de séquençage (SAV).
Cycles des indicateurs de l’analyse
Les
}
}
}
30
indicateurs de l’analyse apparaissent à différents moments au cours d’une analyse.
Aucun indicateur ne s’affiche au cours des étapes de génération d’amplifiats.
Les cinq premiers cycles sont réservés à la génération du modèle.
Les indicateurs de l’analyse apparaissent après le cycle 25, notamment la densité des
amplifiats, les amplifiats passant par le filtre (PF), le rendement et les scores de qualité.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
En fonction de la configuration d’analyse sélectionnée, une icône s’affiche à l’écran au
cours de l’analyse pour indiquer l’état du transfert de données.
État
Illumina
BaseSpace
BaseSpace Onsite
Instrument
autonome
Connecté
Connecté, transfert de
données en cours
Déconnecté
Si le transfert de données est interrompu en cours d’analyse, les données sont stockées
temporairement sur l’ordinateur de l’instrument. Une fois la connexion rétablie, le transfert
de données reprend automatiquement. Si la connexion n’est pas rétablie avant la fin de
l’analyse, supprimez manuellement les données de l’ordinateur de l’instrument
manuellement avant le lancement d’une nouvelle analyse.
Service de copie de l’analyse
La suite logicielle du système NextSeq contient un service de copie de l’analyse. RTA v2
demande au service de copier des fichiers situés à un emplacement source vers un
emplacement de destination; et le service traite les demandes de copie dans l’ordre
d’arrivée. Si une exception survient, le fichier retourne en file d’attente de copie en fonction
du nombre de fichiers contenus dans la file d’attente de copie.
Visualiseur d’analyse de séquençage
Le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV) affiche des indicateurs de séquençage
générés au cours de l’analyse. Les indicateurs s’affichent sous forme de diagrammes, de
graphiques et de tableaux qui s’appuient sur des données générées par le RTA et écrits sur
des fichiers InterOp. Les indicateurs sont mis à jour pendant la progression de l’analyse.
Sélectionnez Refresh (Actualiser) à tout moment pendant l’analyse pour afficher les
indicateurs métriques à jour. Pour plus de renseignements, consultez le Guide de l’utilisateur
du visualiseur d’analyse de séquençage (référence 15020619).
Le SAV est inclus dans le logiciel installé sur l’ordinateur de l’instrument. Vous pouvez
aussi installer le SAV sur un autre ordinateur associé au même réseau que l’instrument
pour surveiller les indicateurs d’analyse à distance.
Guide du système NextSeq 500
31
Surveiller la progression de l’analyse
Transfert de données
Séquençage
Lavage automatique après analyse
Une fois l’analyse de séquençage terminée, le logiciel lance un lavage automatique après
analyse à l’aide d’une solution de lavage contenue dans la cartouche de tampon et de
NaOCI contenu dans la cartouche de réactifs.
Le lavage automatique après analyse dure 90 minutes environ. Une fois le lavage terminé,
le bouton Home (Accueil) redevient actif. Les résultats du séquençage restent visibles à
l’écran pendant le lavage.
Après le lavage
Après le lavage, les dispositifs dʼaspiration restent abaissés afin d’empêcher l’air de
pénétrer dans le système. Laissez les cartouches en place jusqu’à l’analyse suivante.
32
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Chapitre 4 Maintenance
Introduction
Effectuer un lavage manuel
Mises à jour logicielles
Arrêter l’instrument
Guide du système NextSeq 500
34
35
38
40
33
Chapitre 4
Maintenance
Maintenance
Introduction
Les procédures de maintenance comprennent des lavages manuels de l’instrument et des
mises à jour du logiciel du système lorsque celles-ci sont disponibles.
} Lavages de l’instrument : un lavage automatique après analyse est lancé après chaque
analyse de séquençage afin de maintenir les performances de l’instrument. Toutefois,
il est nécessaire d’effectuer régulièrement un lavage manuel dans certaines conditions.
Consultez la section Effectuer un lavage manuel à la page 35.
} Mises à jour logicielles : quand une version mise à jour du logiciel du système est
disponible, vous pouvez l’installer automatiquement en vous connectant à BaseSpace
ou manuellement en téléchargeant le programme d’installation sur le site Web
d’Illumina. Consultez la section Mises à jour logicielles à la page 38.
Maintenance préventive
Illumina vous recommande de planifier un service de maintenance préventive tous les ans.
Si vous n’êtes pas lié par un contrat de services, veuillez communiquer avec le
gestionnaire de compte de votre région ou l’assistance technique d’Illumina pour organiser
un service de maintenance préventive facturable.
34
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Les lavages manuels sont initiés depuis l’écran d’accueil. Parmi les options de lavage
figurent Quick Wash (Lavage rapide) et Manual Post-Run Wash (Lavage manuel après
analyse).
Types de lavage
Description
Quick Wash (Lavage
rapide)
Rince le système avec une solution de lavage fournie par l’utilisateur
composée d’eau de laboratoire et de Tween 20 (cartouche de lavage
du tampon).
Nécessaire tous les 14 jours lorsque l’instrument n’est pas utilisé ou
après une mise hors tension.
Durée : 20 minutes
Manual Post-Run Wash
(Lavage manuel après
analyse)
Durée : 90 minutes
Rince le système avec une solution de lavage fournie par l’utilisateur
composée d’eau de laboratoire et de Tween 20 (cartouche de lavage
du tampon) ainsi que d’hypochlorite de sodium à 0,12 % (cartouche
de lavage des réactifs).
Nécessaire lorsque le lavage automatique après analyse n’a pas été
effectué.
Un lavage manuel nécessite l’utilisation de la cartouche de lavage des réactifs et de la
cartouche de lavage du tampon qui sont fournies avec l’instrument, ainsi que d’une
Flow Cell usagée. Une Flow Cell usagée peut être utilisée jusqu’à 20 fois pour des lavages
de l’instrument.
Figure 22 Cartouche de lavage des réactifs et cartouche de lavage du tampon
Préparer un lavage manuel après analyse
Consommables fournis par
l’utilisateur
Volume et description
• NaOCl
1 ml, dilution à 0,12 %
Chargé dans la cartouche de lavage de réactifs (position
nº 28)
• Tween 20 à 100 %
• Eau de laboratoire
Utilisée pour préparer une solution de lavage Tween 20 à
0,05 % de 125 ml
Chargée dans la cartouche de lavage du tampon (réservoir
central)
Guide du système NextSeq 500
35
Effectuer un lavage manuel
Effectuer un lavage manuel
Maintenance
REMARQUE
Utilisez toujours une nouvelle dilution de NaOCI préparée au cours des dernières 24 heures.
Si vous préparez un volume supérieur à 1 ml, stockez la dilution restante entre 2 et 8 °C pour
une utilisation dans les 24 heures suivantes. Sinon, jetez la dilution de NaOCl restante.
1
Combinez les volumes suivants dans un microtube à centrifuger pour obtenir 1 ml de
NaoCl à 0,12 % :
} NaOCl à 5 % (24 µl)
} Eau de laboratoire (976 µl)
2
Retournez le tube pour mélanger.
3
Ajoutez 1 ml de NaOCI à 0,12 % à la cartouche de lavage des réactifs. Le réservoir
approprié est équivalent à la position nº 28 de la cartouche préremplie.
Figure 23 Charger le NaOCl
4
Combinez les volumes suivants afin d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à
0,05 % :
} Tween 20 à 100 % (62 µl)
} Eau de laboratoire (125 ml)
5
Ajoutez 125 ml de solution de lavage dans le réservoir central de la cartouche de
lavage du tampon.
6
Sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis sélectionnez Manual Post-Run
Wash (Lavage manuel après analyse).
Préparer un lavage rapide
Consommables fournis
par l’utilisateur
• Tween 20 à 100 %
• Eau de laboratoire
36
Volume et description
Utilisée pour préparer une solution de lavage Tween 20 à 0,05 % de
40 ml
Chargée dans la cartouche de lavage du tampon (réservoir central)
1
Combinez les volumes suivants afin d’obtenir une solution de lavage de Tween 20 à
0,05 % :
} Tween 20 à 100 % (20 µl)
} Eau de laboratoire (40 ml)
2
Ajoutez 40 ml de solution de lavage dans le réservoir central de la cartouche de lavage
du tampon.
3
Sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage), puis sélectionnez Quick Wash
(Lavage rapide).
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
1
En l’absence de Flow Cell usagée, chargez une Flow Cell usagée. Sélectionnez Load
(Charger), puis sélectionnez Next (Suivant).
2
Retirez le réservoir à réactifs usagés et jetez son contenu conformément aux normes en
vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant
probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles
peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec
les yeux. Portez un équipement de protection, y compris des lunettes de
protection, des gants et une blouse de laboratoire. Manipulez les réactifs usagés
comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes de
sécurité gouvernementales en vigueur dans votre région. Pour plus de
renseignements sur l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche
signalétique de cette trousse, mise à votre disposition à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
3
Faites glisser le réservoir à réactifs usagés vide dans le compartiment de tampon
jusqu’à la butée.
4
Retirez la cartouche de tampon usagée de la précédente analyse, le cas échéant.
5
Chargez la cartouche de lavage du tampon contenant la solution de lavage.
6
Retirez la cartouche de réactifs usagée de la précédente analyse, le cas échéant.
7
Chargez la cartouche de lavage des réactifs.
8
Sélectionnez Next (Suivant). La vérification avant lavage démarre automatiquement.
Démarrer le lavage
1
Sélectionnez Start (Démarrer).
2
À la fin du lavage, sélectionnez Home (Accueil).
Après le lavage
Après le lavage, les dispositifs dʼaspiration restent abaissés afin d’empêcher l’air de
pénétrer dans le système. Laissez les cartouches en place jusqu’à l’analyse suivante.
Guide du système NextSeq 500
37
Effectuer un lavage manuel
Charger une Flow Cell usagée et les cartouches de lavage
Maintenance
Mises à jour logicielles
Les mises à jour logicielles font partie d’une suite logicielle appelée System Suite qui
comprend les logiciels suivants :
} NextSeq Control Software (NCS)
} NextSeq recipes
} RTA v2
} NextSeq Service Software (NSS)
} Visualiseur d’analyse de séquençage (SAV)
} BaseSpace Broker
Vous pouvez installer les mises à jour logicielles automatiquement à l’aide d’une
connexion Internet ou manuellement à partir d’un emplacement réseau ou USB.
} Mises à jour automatiques : pour les instruments connectés à un réseau doté d’un
}
accès à Internet, une icône d’alerte
s’affiche sur le bouton Manage Instrument (Gérer
l’instrument) situé sur l’écran d’accueil lorsqu’une mise à jour est disponible.
Mises à jour manuelles : téléchargez le programme d’installation System Suite sur la
page d’aide du système NextSeq 500 sur le site Web Illumina.
Mise à jour automatique des logiciels
1
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2
Sélectionnez Software Update (Mise à jour logicielle).
3
Sélectionnez Install the update already downloaded from BaseSpace (Installer la mise
à jour téléchargée auparavant à partir de BaseSpace).
4
Sélectionnez Update (Mettre à jour) pour commencer la mise à jour. Une boîte de
dialogue apparaît pour la confirmation de la commande.
5
Suivez les invites de l’assistant d’installation :
a
b
c
Acceptez l’accord de licence.
Lisez les notes de mise à jour.
Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle
effectuée.
REMARQUE
Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est
nécessaire une fois le micrologiciel mis à jour.
Mise à jour manuelle des logiciels
38
1
Téléchargez le fichier d’installation de System Suite sur le site Web d’Illumina et
enregistrez-le dans un emplacement réseau.
Vous pouvez également copier le fichier d’installation du logiciel sur une clé USB.
2
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
3
Sélectionnez Software Update (Mise à jour logicielle).
4
Sélectionnez Manually install the update from the following location (Installer
manuellement la mise à jour à partir de l’emplacement suivant).
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Sélectionnez Browse (Parcourir) pour accéder à l’emplacement du fichier d’installation
du logiciel, puis sélectionnez Update (Mise à jour).
6
Suivez les invites de l’assistant d’installation :
a
b
c
Acceptez l’accord de licence.
Lisez les notes de mise à jour.
Consultez la liste des logiciels inclus dans la mise à jour.
Le logiciel de commande redémarre automatiquement une fois la mise à jour logicielle
effectuée.
REMARQUE
Si une mise à jour du micrologiciel est incluse, un redémarrage automatique du système est
nécessaire une fois le micrologiciel mis à jour.
Guide du système NextSeq 500
39
Mises à jour logicielles
5
Maintenance
Arrêter l’instrument
1
Sélectionnez Manage Instrument (Gérer l’instrument).
2
Sélectionnez System Power Options (Options d’alimentation du système).
3
Sélectionnez Shut Down (Arrêter).
La commande d’arrêt ferme le logiciel de manière sûre et coupe l’alimentation de
l’instrument. Attendez au moins 60 secondes avant de rallumer l’instrument.
ATTENTION
Ne déplacez pas l’instrument. Un déplacement inapproprié de l’instrument peut avoir un
impact sur l’alignement optique et compromettre l’intégrité des données. Si vous devez
déplacer l’instrument, communiquez avec votre représentant Illumina.
40
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Annexe A Dépannage
Introduction
Fichiers de dépannage
Résoudre les erreurs de vérification automatique
Réservoir à réactifs usagés plein
Flux de travail de réhybridation
Formules personnalisées et dossiers de formules
Vérification du système
Message d’erreur RAID
Configurer les paramètres du système
Guide du système NextSeq 500
42
43
44
46
47
50
51
54
55
41
Annexe A
Dépannage
Dépannage
Introduction
En cas de questions techniques, consultez les pages dʼassistance du NextSeq 500 sur le site
Web d’Illumina. Les pages d’assistance fournissent un accès à la documentation, aux
téléchargements et aux foires aux questions.
Connectez-vous à votre compte MyIllumina pour accéder aux bulletins d’assistance.
En cas de problème avec la qualité ou la performance de l’analyse, communiquez avec
l’assistance technique d’Illumina. Consultez la section Assistance technique à la page 73.
Il est possible de partager un lien vers le résumé d’analyse dans BaseSpace avec
l’assistance technique d’Illumina pour faciliter le dépannage.
42
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Le représentant de lʼassistance technique d’Illumina peut vous demander de fournir des
copies des fichiers propres à lʼanalyse ou propres au balayage afin de résoudre les
problèmes. Généralement, les fichiers suivants sont utilisés pour le dépannage.
Fichier clé
Dossier
Description
Fichier de
renseignements sur
l’analyse (RunInfo.xml)
Dossier racine
Comprend les renseignements suivants :
• Nom de l’analyse
• Nombre de cycles de l’analyse
• Nombre de cycles pour chaque lecture
• Si la lecture est une lecture indexée
• Nombre de témoins et de plaques sur la
Flow Cell
Fichier des paramètres
de l’analyse
(RunParameters.xml)
Dossier racine
Contient des renseignements concernant les
paramètres et les composants des analyses. Parmi
les renseignements figurent le RFID, le numéro
de série, la référence et la date de péremption.
Fichiers de
configuration RTA
(RTAConfiguration.xml)
Data\Intensities
Comprend les paramètres de configuration RTA
pour l’analyse.
Le fichier RTAConfiguration.xml est créé au
début de l’analyse.
Fichiers InterOp (*.bin)
InterOp
Ces fichiers de rapport binaires sont utilisés par le
visualiseur d’analyse de séquençage (SAV).
Les fichiers InterOp sont mis à jour tout au long
de l’analyse.
Fichiers journaux
Logs
Les fichiers journaux décrivent chaque étape
effectuée par l’instrument au cours de chaque
cycle et répertorient les versions de logiciels et de
micrologiciels utilisées lors de l’analyse. Le fichier
nommé [NomInstrument]_CurrentHardware.csv
répertorie les numéros de série des composants
de l’instrument.
Fichiers journaux des
erreurs (*ErrorLog*.txt)
Journaux RTA
Journal des erreurs RTA.
Les fichiers journaux des erreurs sont mis à jour à
chaque fois qu’une erreur se produit.
Fichiers journaux
globaux
(*GlobalLog*.tsv)
Journaux RTA
Journal de tous les événements RTA.
Les fichiers journaux globaux sont mis à jour tout
au long de l’analyse.
Fichiers journaux des
lignes (*LaneLog*.txt)
Journaux RTA
Journal des événements RTA en cours.
Les fichiers journaux des lignes sont mis à jour
tout au long de l’analyse.
Erreurs RTA
Pour résoudre les erreurs RTA, vérifiez d’abord le journal des erreurs RTA, qui est stocké
dans le dossier RTALogs. Ce fichier n’est pas présent pour les analyses réussies. Joignez le
journal des erreurs lors du signalement des problèmes à l’assistance technique d’Illumina.
Guide du système NextSeq 500
43
Fichiers de dépannage
Fichiers de dépannage
Dépannage
Résoudre les erreurs de vérification automatique
Si des erreurs se produisent au cours de la vérification automatique, utilisez les
recommandations d’action suivantes pour résoudre l’erreur.
Si une vérification avant analyse échoue, le RFID de la cartouche de réactifs n’est pas
verrouillé et peut être utilisé pour une nouvelle analyse. Cependant, le RFID est verrouillé
une fois que les opercules en aluminium sont percés.
44
Vérifications du système
Action recommandée
Doors Closed (Portes
fermées)
Assurez-vous que les portes du compartiment sont fermées.
Consumables Loaded
(Consommables chargés)
Les capteurs des consommables n’enregistrent rien. Assurezvous que chaque consommable est correctement chargé.
Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse),
sélectionnez Back (Retour) pour retourner à l’étape de
chargement, puis répétez la configuration de l’analyse.
Required Software
(Logiciel requis)
Des composants critiques du logiciel sont manquants.
Effectuez une mise à jour manuelle pour restaurer tous les
composants du logiciel.
Instrument Disk Space
(Espace disque de
l’instrument)
Le disque dur de l’instrument n’a pas assez d’espace
disponible pour réaliser l’analyse. Il est possible que les
données provenant d’une analyse précédente n’aient pas été
transférées.
Effacez les données d’analyse du disque dur de l’instrument.
Network Connection
(Connexion réseau)
La connexion réseau a été interrompue. Vérifiez l’état du
réseau et la connexion au réseau physique.
Network Disk Space
(Espace disque réseau)
Soit le compte BaseSpace est plein, soit le serveur réseau est
plein.
Température
Action recommandée
Temperature
(Température)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Temperature Sensors
(Capteurs de température)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Fans (Ventilateurs)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Système d’imagerie
Action recommandée
Imaging Limits (Limites de
l’imagerie)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Z Steps-and-Settle (Étapes
et installation Z)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Bit Error Rate (Taux
d’erreur binaire)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Action recommandée
Flow Cell Registration
(Enregistrement de la
Flow Cell)
Il est possible que la Flow Cell ne soit pas correctement
positionnée.
• Sur les écrans Run Setup (Configuration de l’analyse),
sélectionnez Back (Retour) pour retourner à l’étape de la
Flow Cell. La porte du compartiment d’imagerie s’ouvre.
• Déchargez et rechargez la Flow Cell pour vous assurer
qu’elle est correctement positionnée.
Distribution des réactifs
Action recommandée
Valve Response (Réponse
de la vanne)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Pump (Pompe)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Buffer Mechanism
(Mécanisme du tampon)
Communiquez avec l’assistance technique d’Illumina.
Spent Reagents Empty
(Réactifs usagés vides)
Videz le réservoir à réactifs usagés et rechargez le réservoir
vide.
Guide du système NextSeq 500
Résoudre les erreurs de vérification automatique
Système d’imagerie
45
Dépannage
Réservoir à réactifs usagés plein
Commencez toujours une analyse avec un réservoir à réactifs usagés vide.
Si vous commencez une analyse sans avoir vidé le réservoir des réactifs usagés, les
capteurs du système poussent le logiciel à interrompre l’analyse lorsque le réservoir est
plein. Les capteurs du système ne peuvent pas interrompre une analyse durant la
génération d’amplifiats, la resynthèse des paires de bases ou le lavage automatique après
analyse.
Lorsque l’analyse est interrompue, une boîte de dialogue s’affiche et fournit des options
permettant de relever les dispositifs d’aspiration et de vider le réservoir plein.
Vider le réservoir des réactifs usagés
46
1
Sélectionnez Raise Sippers (Soulever les dispositifs d’aspiration).
2
Retirez le réservoir à réactifs usagés et jetez le contenu de manière appropriée.
3
Remettez le réservoir vide dans le compartiment de tampon.
4
Sélectionnez Continue (Continuer). L’analyse reprend automatiquement.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Une analyse de réhybridation peut être nécessaire si les indicateurs générés au cours des
quelques premiers cycles montrent des intensités inférieures à 2 500. Certaines librairies à
faible diversité peuvent montrer des intensités inférieures à 1 000, ce qui est attendu et ne
peut pas être résolu par une réhybridation.
REMARQUE
L’utilisation de la commande End Run (Terminer l’analyse) est définitive. L’analyse ne peut
pas reprendre, les consommables de l’analyse ne peuvent pas être réutilisés et les données de
séquençage ne sont pas enregistrées.
Lorsque vous arrêtez une analyse, le logiciel effectue les étapes suivantes avant de terminer
l’analyse :
} Place la Flow Cell en état de sécurité.
} Débloque l’identification par radiofréquence (RFID) de la Flow Cell pour une analyse
ultérieure.
} Attribue une date de péremption de réhybridation à la Flow Cell.
} Écrit les journaux d’analyse pour les cycles terminés. Un délai est normal.
} Saute le lavage après analyse automatique.
Lorsque vous lancez une analyse de réhybridation, le logiciel effectue les étapes suivantes
pour effectuer l’analyse :
} Crée un dossier d’analyse basé sur le nom unique de l’analyse.
} Vérifie que la date de réhybridation de la Flow Cell n’est pas dépassée.
} Amorce les réactifs. Un délai est normal.
} Passe l’étape de génération d’amplifiats.
} Retire le primer de lecture 1 précédent.
} Hybride un nouveau primer de lecture 1.
} Continue la lecture 1 et le reste de l’analyse selon les paramètres de l’analyse spécifiés.
À quel moment arrêter une analyse pour réhybridation
Une réhybridation ultérieure est possible uniquement si vous arrêtez l’analyse aux points
suivants :
} Après le cycle 5 : les intensités apparaissent après l’enregistrement du modèle, qui
nécessite les 5 premiers cycles du séquençage. Bien qu’il soit considéré sûr d’arrêter
une analyse après le cycle 1, il est recommandé d’arrêter après le cycle 5. N’arrêtez pas
une analyse au cours de la génération d’amplifiats.
} Lecture 1 ou lecture d’index 1 : arrêtez l’analyse avant que ne commence la resynthèse
des paires de bases appariées. La Flow Cell ne peut pas être enregistrée pour une
réhybridation ultérieure après le début de la resynthèse des paires de bases appariées.
Consommables requis
Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de réactifs et une nouvelle
cartouche de tampon NextSeq, quel que soit le moment où l’analyse a été arrêtée.
Guide du système NextSeq 500
47
Flux de travail de réhybridation
Flux de travail de réhybridation
Dépannage
Arrêter l’analyse en cours
1
Sélectionnez End Run (Arrêter l’analyse). Lorsque vous êtes invité à confirmer la
commande, sélectionnez Yes (Oui).
2
Lorsque vous êtes invité à enregistrer la Flow Cell, sélectionnez Yes (Oui). Notez la
date de péremption de réhybridation.
3
Retirez la Flow Cell enregistrée et placez-la à une température comprise entre 2 °C et
8 °C jusqu’à ce que vous soyez prêt à configurer l’analyse de réhybridation.
REMARQUE
Vous pouvez stocker la Flow Cell jusqu’à sept jours à une température comprise entre 2 °C
et 8 °C dans un étui de protection à rabat en plastique sans l’emballage dessiccant. Pour de
meilleurs résultats, réhybridez la Flow Cell enregistrée sous 3 jours.
Effectuer un lavage manuel
1
Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage).
2
Dans l’écran Wash Selection (Sélection de lavage), sélectionnez Manual Post-Run
Wash (Lavage manuel après analyse). Consultez la section Effectuer un lavage manuel à
la page 35.
REMARQUE
Si vous n’avez pas retiré la cartouche de réactifs et la cartouche de tampon de l’analyse
arrêtée, vous pouvez les utiliser pour le lavage manuel. Sinon, effectuez le lavage manuel à
l’aide de la cartouche de lavage des réactifs et de la cartouche de lavage du tampon.
Configurer une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de
BaseSpace
1
Si l’instrument est configuré pour BaseSpace ou BaseSpace Onsite, configurez une
nouvelle analyse sous l’onglet Prep (Préparation) en utilisant les mêmes paramètres
que ceux de l’analyse d’origine.
ASTUCE
Cliquez sur l’onglet Pools (Groupements), sélectionnez l’identifiant de groupement pertinent
pour conserver les paramètres de l’analyse précédente, puis assignez un nom unique pour la
nouvelle analyse.
48
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
1
Préparez une nouvelle cartouche de réactifs.
2
Si la Flow Cell enregistrée a été stockée, laissez-la atteindre la température ambiante
(15 à 30 minutes).
3
Nettoyez et chargez la Flow Cell enregistrée.
4
Retirez le réservoir à réactifs usagés et jetez le contenu de façon appropriée, puis
rechargez le flacon vide.
5
Chargez la nouvelle cartouche de tampon et la nouvelle cartouche de réactifs.
6
Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez l’une des options
suivantes :
} BaseSpace ou BaseSpace Onsite : sélectionnez l’analyse et confirmez les paramètres
de l’analyse.
} Standalone (Autonome) : saisissez le nom de l’analyse et spécifiez des paramètres
identiques à ceux de l’analyse d’origine.
7
Sélectionnez Next (Suivant) pour effectuer une vérification avant analyse, puis
démarrez l’analyse.
Guide du système NextSeq 500
49
Flux de travail de réhybridation
Configurer une analyse sur l’instrument
Dépannage
Formules personnalisées et dossiers de formules
Ne modifiez pas les formules d’origine. Enregistrez toujours la formule d’origine sous un
nouveau nom. Si une formule originale est modifiée, l’utilitaire de mise à jour du logiciel
ne peut plus reconnaître la formule pour les mises à jour ultérieures et les versions plus
récentes ne sont pas installées.
Enregistrez les formules personnalisées dans le dossier de formules approprié. Les dossiers
de formules sont organisés comme suit.
Custom
High : formules personnalisées utilisées avec une trousse de débit élevé.
Mid : formules personnalisées utilisées avec une trousse de débit moyen.
High : formules d’origine utilisées avec une trousse de débit élevé.
Mid : formules d’origine utilisées avec une trousse de débit moyen.
Wash : contient la formule de lavage manuel.
50
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Une vérification du système n’est pas nécessaire pour un fonctionnement normal ou pour
la maintenance de l’instrument. Toutefois, un représentant de l’assistance technique
d’Illumina peut vous demander de réaliser une vérification du système à des fins de
dépannage.
REMARQUE
Si un lavage de l’instrument est prévu, effectuez le lavage avant de lancer une vérification du
système.
Lancer une vérification du système ferme automatiquement le logiciel de contrôle et lance
le NextSeq Service Software (NSS). Le logiciel de service se lance et ouvre l’écran Load
(Charger), qui est configuré pour une utilisation de l’option de chargement avancé.
Figure 24 Vérifications du système disponibles
Les cases non cochées sur l’écran Select (Sélectionner) indiquent les tests nécessitant
l’assistance d’un représentant de terrain d’Illumina.
Réaliser une vérification du système
1
Dans l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System Check
(Vérification du système). Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel de commande
avant de poursuivre, sélectionnez Yes (Oui).
2
Chargez les consommables comme suit :
a
b
c
d
Si une Flow Cell usagée ne se trouve pas déjà sur l’instrument, chargez une
Flow Cell usagée.
Videz le réservoir de réactifs usagés et repositionnez-le sur l’instrument.
Chargez la cartouche de lavage du tampon contenant 120 ml d’eau de laboratoire
dans le réservoir central.
Chargez la cartouche de lavage des réactifs. Vérifiez que la cartouche de lavage des
réactifs est vide et propre.
3
Sélectionnez Load (Charger). Le logiciel positionne la Flow Cell et la cartouche de
lavage des réactifs. Sélectionnez Next (Suivant).
4
Sélectionnez Next (Suivant). La vérification du système commence.
Guide du système NextSeq 500
51
Vérification du système
Vérification du système
Dépannage
5
[Facultatif] Lorsque la vérification du système est terminée, sélectionnez View (Afficher)
en regard du nom de la vérification pour afficher les valeurs associées à chaque
vérification.
6
Sélectionnez Next (Suivant). Le rapport de vérification du système s’ouvre.
7
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour enregistrer le rapport dans un fichier zippé.
Naviguez vers un emplacement sur le réseau pour enregistrer le fichier.
8
Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Exit (Quitter).
9
Lorsque vous êtes invité à fermer le logiciel de service et à redémarrer le logiciel de
commande, sélectionnez Yes (Oui). Le logiciel de commande redémarre
automatiquement.
Vérifications du mouvement
Vérification du
système
Description
BSM
Vérifie le gain et la distance du mécanisme de conduite des
compartiments (BSM) afin de confirmer que le module
fonctionne correctement.
FCLM et FAM
Vérifie le gain et la distance du mécanisme de chargement de la
Flow Cell (FCLM) et du module d’automatisation des liquides
(FAM) pour confirmer que les modules fonctionnent
correctement.
Stage Tests (Tests de la
platine)
Vérifie les limites de parcours et les performances de la
platine XY et des six platines Z, une pour chaque caméra.
Vérification des composants optiques
Vérification du
système
Flow Cell Registration
(Enregistrement de la
Flow Cell)
Description
Mesure l’inclinaison de la lame sur un plan optique, teste les
fonctionnalités de la caméra, teste le module d’imagerie et vérifie
l’enregistrement de la Flow Cell dans la position correcte
d’imagerie.
Vérifications de la fluidique
52
Vérification du
système
Description
Valve Response
(Réponse de la vanne)
Vérifie la précision des mouvements de la vanne et de la pompe
ainsi que l’amplitude de mouvement de la seringue de la pompe.
Pressure Decay (Perte
de pression)
Vérifie le taux de fuite d’un système fluidique étanche, afin de
confirmer que la Flow Cell est insérée correctement en position
de séquençage.
Flow Rate (Débit)
Vérifie la fonctionnalité des capteurs de bulles, qui servent à
détecter la présence d’air dans les lignes de réactifs. Mesure les
débits pour vérifier la présence d’occlusions ou de fuites.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Vérification du
système
Description
Fans (Ventilateurs)
Vérifie la vitesse des ventilateurs du système en impulsions par
minute (imp/min) pour confirmer que les ventilateurs
fonctionnent. Les ventilateurs qui ne fonctionnent pas renvoient
une valeur négative.
Thermal Probes
(Sondes thermiques)
Vérifie la température moyenne de chaque capteur thermique.
Les capteurs thermiques qui ne fonctionnent pas renvoient une
valeur négative.
Guide du système NextSeq 500
53
Vérification du système
Vérifications thermiques
Dépannage
Message d’erreur RAID
L’ordinateur du système NextSeq est équipé de deux disques durs. Si un disque dur cesse
de fonctionner, le système génère un message d’erreur RAID et vous suggère de prendre
contact avec l’assistance technique d’Illumina. Dans la plupart des cas, le remplacement
du disque dur est nécessaire.
Vous pouvez continuer la procédure de configuration de l’analyse et les opérations
normales. Le but de ce message est de pouvoir planifier à l’avance une visite de service
pour éviter des interruptions durant le fonctionnement normal de l’instrument. Pour
continuer, sélectionnez Acknowledge (Accuser réception), puis Close (Fermer).
54
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Le système est configuré lors de l’installation. Toutefois, si une modification est nécessaire
ou si le système doit être reconfiguré, utilisez les options de configuration du système.
} Configuration réseau : fournit des options de paramètres de l’adresse IP, d’adresse de
serveur de noms de domaine (DNS), de nom d’ordinateur et de nom de domaine.
} Configuration BaseSpace : fournit des options de méthodes d’analyse, y compris
BaseSpace, BaseSpace Onsite, le mode autonome et la surveillance de l’analyse dans
BaseSpace, ainsi que des paramètres d’identifiants BaseSpace par défaut et de création
de rapports sur la santé de l’instrument.
Définir la configuration réseau
1
Dans l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2
Sélectionnez Network Configuration (Configuration du réseau).
3
Sélectionnez Obtain an IP address automatically (Obtenir automatiquement une
adresse IP) pour récupérer l’adresse IP sur un serveur DHCP.
REMARQUE
Le protocole DHCP (Dynamic Host Configuration Protocol) est un protocole réseau
standard utilisé sur les réseaux IP afin de distribuer les paramètres de configuration du
réseau de manière dynamique.
Sinon, sélectionnez Use the following IP address (Utiliser l’adresse IP suivante) pour
connecter manuellement l’instrument à un autre serveur de la manière suivante.
Communiquez avec votre administrateur réseau pour obtenir les adresses spécifiques à
votre installation.
} Saisissez l’adresse IP. L’adresse IP est une série de quatre nombres séparés par des
points, par exemple 168.62.20.37.
} Saisissez le masque de sous-réseau, qui est une subdivision du réseau IP.
} Saisissez l’adresse de la passerelle par défaut, c’est-à-dire le routeur du réseau qui se
connecte à Internet.
4
Sélectionnez Obtain a DNS address automatically (Obtenir automatiquement une
adresse DNS) pour connecter l’instrument au serveur de nom de domaine associé à
l’adresse IP.
Sinon, sélectionnez Obtain a DNS address automatically (Obtenir automatiquement
une adresse DNS) pour connecter manuellement l’instrument au serveur de nom de
domaine de la manière suivante.
} Saisissez les adresses DNS préférées. L’adresse DNS est le nom du serveur utilisé
pour traduire les noms de domaine en adresses IP.
} Saisissez l’adresse DNS secondaire. L’adresse secondaire est utilisée si le DNS
préféré ne peut pas traduire un nom de domaine particulier en adresse IP.
5
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour passer à l’écran Computer (Ordinateur).
REMARQUE
Le nom de l’ordinateur de l’instrument est attribué à l’ordinateur de l’instrument au
moment de sa fabrication. Toute modification du nom de l’ordinateur peut avoir un
impact sur la connectivité et nécessite un administrateur réseau.
6
Connectez l’ordinateur de l’instrument à un domaine ou à un groupe de travail de la
manière suivante.
Guide du système NextSeq 500
55
Configurer les paramètres du système
Configurer les paramètres du système
Dépannage
} Pour les instruments connectés à Internet : sélectionnez Member of domain
(Membre du domaine), puis saisissez le nom du domaine associé à la connexion
Internet au niveau de votre installation. Les modifications de domaine nécessitent le
nom d’utilisateur et le mot de passe d’un administrateur.
} Pour les instruments non connectés à Internet : sélectionnez Member of work
group (Membre du groupe de travail), puis saisissez le nom du groupe de travail. Le
nom du groupe de travail est propre à votre établissement.
7
Sélectionnez Save (Enregistrer).
Définir la configuration BaseSpace
56
1
Dans l’écran Manage Instrument (Gérer l’instrument), sélectionnez System
Configuration (Configuration du système).
2
Sélectionnez BaseSpace Configuration (Configuration de BaseSpace).
3
Sélectionnez l’une des options suivantes pour définir un emplacement où les données
seront envoyées pour une analyse ultérieure.
} Sélectionnez BaseSpace pour envoyer les données de séquençage à l’environnement
BaseSpace d’Illumina. [Facultatif] Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie),
sélectionnez Browse (Parcourir), puis accédez à un emplacement réseau secondaire
où les fichiers BCL seront enregistrés en plus de BaseSpace.
} Sélectionnez l’option BaseSpace Onsite. Dans le champ Server Name (Nom du
serveur), saisissez le chemin complet de votre serveur BaseSpace Onsite. [Facultatif]
Cochez la case Output Folder (Dossier de sortie), sélectionnez Browse (Parcourir),
puis accédez à un emplacement réseau secondaire où les fichiers BCL seront
enregistrés en plus du serveur BaseSpace Onsite.
} Sélectionnez Standalone instrument (Instrument autonome) pour enregistrer les
données uniquement vers un emplacement réseau. Sélectionnez Browse (Parcourir)
pour sélectionner l’emplacement réseau de votre choix. Le logiciel de commande
génère automatiquement le nom du dossier de sortie.
} [Facultatif] Sélectionnez Use Run Monitoring (Utiliser la surveillance d’analyse)
pour surveiller l’analyse à l’aide des outils de visualisation de BaseSpace. Des
identifiants de connexion BaseSpace ainsi qu’une connexion Internet sont
nécessaires.
4
Sélectionnez Save (Enregistrer) pour passer à l’écran BaseSpace.
5
Si vous avez sélectionné BaseSpace ou BaseSpace Onsite, réglez les paramètres
BaseSpace de la manière suivante.
} Saisissez les paramètres User Name (Nom d’utilisateur) et Password (Mot de passe)
de BaseSpace afin d’enregistrer l’instrument auprès de BaseSpace.
} Sélectionnez Use default login and bypass the BaseSpace login screen (Utiliser la
connexion par défaut et passer l’écran de connexion BaseSpace) pour définir le nom
d’utilisateur et le mot de passe enregistrés en tant qu’identifiants de connexion par
défaut. Ce réglage permet de passer outre l’écran BaseSpace lors de la configuration
de l’analyse.
6
Si vous avez sélectionné BaseSpace, sélectionnez Send instrument health information
to Illumina (Envoyer des renseignements sur l’état de l’instrument à Illumina) pour
envoyer des fichiers journaux à Illumina. Cette option n’est pas disponible avec
BaseSpace Onsite.
7
Sélectionnez Save (Enregistrer).
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Annexe B Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Fichiers de sortie de séquençage
Plaques de la Flow Cell
Structure du dossier de sortie
Guide du système NextSeq 500
58
60
63
65
68
57
Annexe B
Real-Time Analysis
Real-Time Analysis
Présentation de Real-Time Analysis
Le NextSeq 500 utilise une version du logiciel Real-Time Analysis (RTA) appelée RTA v2.
RTA v2 fonctionne sur l’ordinateur de l’instrument. Il extrait les intensités à partir des
images, réalise la définition des bases et lui attribue des scores de qualité. RTA v2
communique avec le logiciel de commande par le biais d’une interface Web HTTP et de
fichiers mémoire partagés. Si RTA v2 est arrêté, il ne reprend pas le traitement et les
données de l’analyse ne sont pas enregistrées.
REMARQUE
Les performances de démultiplexage ne sont pas calculées. L’onglet Index du visualiseur
d’analyse de séquençage (SAV) n’est donc pas rempli.
Entrées de RTA v2
RTA v2 nécessite les entrées suivantes pour le traitement :
} Les images des plaques contenues dans la mémoire locale du système.
} RunInfo.xml, qui est généré automatiquement au début de l’analyse et fournit le nom
de l’analyse, le nombre de cycles, l’état d’indexation d’une lecture ainsi que le nombre
de plaques sur la Flow Cell.
} RTA.exe.config, qui est un fichier de configuration logicielle au format XML.
RTA v2 reçoit des commandes du logiciel de commande indiquant l’emplacement du
fichier RunInfo.xml et si un dossier de sortie facultatif est spécifié.
Fichiers de sortie RTA v2
Les images de chaque canal passent dans la mémoire sous forme de plaques. La plaque est
une petite zone d’imagerie sur la Flow Cell qui constitue pour la caméra l’unité de vision.
À partir de ces images, le logiciel produit des fichiers de sortie qui prennent la forme d’un
ensemble de fichiers de définition des bases dont la qualité est notée et de fichiers de
filtrage. Tous les autres fichiers supportent les fichiers de sortie.
58
Type de fichiers
Description
Fichiers de définition
des bases
Chaque plaque qui est analysée est incluse dans un fichier cumulé de
définition des bases (*.bcl) pour chaque ligne et chaque cycle. Le fichier
cumulé de définition des bases contient la définition des bases ainsi
que le score de qualité associé à chaque amplifiat dans cette ligne.
Fichiers de filtrage
Chaque plaque produit des renseignements sur le filtre qui sont
rassemblés dans un fichier de filtrage (*.filter) pour chaque ligne.
Le fichier de filtrage spécifie si un amplifiat a franchi les filtres.
Fichier d’emplacement
des amplifiats
Les fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs) contiennent les
coordonnées X et Y de chaque amplifiat dans une plaque. Lors de la
génération du modèle, un fichier d’emplacement des amplifiats est
créé pour chaque ligne.
Fichiers index de
définition des bases
Un fichier d’index de définition des bases (*.bci) est produit pour
chaque ligne afin de préserver les renseignements originaux sur la
plaque. Le fichier d’index contient une paire de valeurs pour chaque
plaque, qui sont respectivement le numéro de cette plaque et le
nombre d’amplifiats qu’elle contient.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
RTA v2 fournit des indicateurs en temps réel sur la qualité de l’analyse, stockés dans des
fichiers InterOp. Les fichiers InterOp sont des fichiers de sortie binaires contenant des
indicateurs relatifs aux plaques, aux cycles et au niveau de lecture nécessaires pour afficher
des indicateurs en temps réel en utilisant le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV).
Pour la dernière version du SAV, consultez la page de téléchargement du SAV sur le site
Web d’Illumina.
Amplifiats passant par le filtre
Au cours de l’analyse, RTA v2 filtre les données brutes pour supprimer les lectures non
conformes au seuil de qualité des données. Les amplifiats qui se chevauchent et ceux de
mauvaise qualité sont supprimés.
Dans le cas d’une analyse sur deux canaux, RTA v2 utilise un système basé sur une
population pour déterminer la pureté d’une définition des bases. Les amplifiats
franchissent le filtre (PF) lorsqu’une définition des bases au cours des 25 premiers cycles a
une pureté de < 0,63. Les bases des amplifiats qui ne franchissent pas le filtre ne sont pas
définies.
Gestion des erreurs
RTA v2 crée des fichiers journaux et les écrit dans le dossier RTALogs. Les erreurs sont
enregistrées dans des fichiers d’erreur au format de fichier *.tsv.
Les fichiers journaux et d’erreur suivants sont transférés vers leur emplacement final de
sortie à la fin du traitement :
} *GlobalLog*.tsv récapitule les événements importants survenus pendant l’analyse.
} *LaneNLog*.tsv répertorie les événements relatifs au traitement de chaque ligne.
} *Error*.tsv répertorie les erreurs survenues au cours d’une analyse.
} *WarningLog*.tsv répertorie les avertissements reçus au cours d’une analyse.
Guide du système NextSeq 500
59
Présentation de Real-Time Analysis
Les fichiers de sortie sont utilisés pour une analyse en aval dans BaseSpace. Vous pouvez
aussi utiliser le logiciel de conversion bcl2fastq pour la conversion FASTQ, ainsi que des
solutions d’analyse tierces. NextSeq Les fichiers nécessitent bcl2fastq v2.0 ou ultérieure.
Pour la dernière version de bcl2fastq, consultez la page de téléchargement de NextSeq sur
le site Web d’Illumina.
Real-Time Analysis
Flux de travail de Real-Time Analysis
Génération du modèle
Établit les emplacements des amplifiats.
Enregistrement et
extraction des intensités
Enregistre l’emplacement de chaque amplifiat sur la Flow Cell et
détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat.
Correction de la mise en
phase
Corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase.
Définition des bases
Détermine une définition des bases pour chaque amplifiat.
Notation de la qualité
Attribue un score de qualité à chaque définition des bases.
Génération du modèle
La première étape du flux de travail RTA est la génération du modèle, qui définit la
position de chaque amplifiat dans une plaque à l’aide des coordonnées X et Y.
La génération du modèle nécessite les données d’image des cinq premiers cycles de
l’analyse. Une fois l’imagerie du dernier cycle de modèle pour une plaque réalisée, le
modèle est généré.
REMARQUE
Pour détecter un amplifiat pendant la génération du modèle, il doit y avoir au moins une
base autre que G dans les cinq premiers cycles. Pour toutes les séquences d’indexage, RTA v2
nécessite au moins une base autre que G dans les deux premiers cycles.
Le modèle est utilisé comme référence pour l’étape suivante d’enregistrement et l’extraction
des intensités. Les emplacements des amplifiats sur toute la Flow Cell sont écrits dans les
fichiers d’emplacement des amplifiats (*.locs), un pour chaque ligne.
Enregistrement et extraction des intensités
L’enregistrement et l’extraction des intensités commencent après la génération du modèle.
} L’enregistrement aligne les images produites par chaque cycle d’imagerie selon le
modèle.
} L’extraction d’intensité détermine une valeur d’intensité pour chaque amplifiat du
modèle pour une image donnée.
S’il y a échec d’enregistrement de l’image d’un cycle, quelle qu’elle soit, aucune définition
des bases ne sera générée pour cette plaque dans ce cycle. Utilisez le logiciel SAV
(visualiseur d’analyse de séquençage) pour examiner les vignettes et trouver les images
dont l’enregistrement a échoué.
Correction de la mise en phase
Lors de la réaction de séquençage, chaque brin d’ADN dans un amplifiat s’étend d’une
base par cycle. La mise en phase et la mise en préphase ont lieu lorsqu’un brin se retrouve
hors phase par rapport au cycle d’incorporation en cours.
} La mise en phase se produit lorsqu’un brin est en retard d’une base.
} La mise en préphase se produit lorsqu’un brin est en avance d’une base.
60
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
A
B
Lecture avec une base présentant une mise en phase
Lecture avec une base présentant une mise en préphase
RTA v2 corrige les effets de la mise en phase et de la mise en préphase, qui exploite au
maximum la qualité des données à chaque cycle tout au long de l’analyse.
Définition des bases
La définition des bases détermine une base (A, C, G ou T) pour chaque amplifiat d’une
plaque donnée d’un cycle spécifique. Le NextSeq 500 utilise le séquençage à deux canaux,
qui ne nécessite que deux images pour encoder les données de quatre bases ADN : une à
partir du canal rouge et une à partir du canal vert.
Les intensités extraites d’une image et leur comparaison avec une autre image donnent
quatre populations distinctes, chacune correspondant à un nucléotide. Le processus de
définition des bases détermine à quelle population appartient chaque amplifiat.
Figure 26 Visualisation de l’intensité des amplifiats
Tableau 1 Définition des bases dans le séquençage à deux canaux
Canal
rouge
Canal
vert
A
1
(allumé)
1
(allumé)
Amplifiats montrant une intensité tant dans le canal rouge
que dans le vert.
C
1
(allumé)
0
(éteint)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal
rouge.
G
0
(éteint)
0
(éteint)
Amplifiats ne montrant d’intensité dans aucun
emplacement d’amplifiat connu.
T
0
(éteint)
1
(allumé)
Amplifiats montrant une intensité seulement dans le canal
vert.
Base
Guide du système NextSeq 500
Résultat
61
Flux de travail de Real-Time Analysis
Figure 25 Mise en phase et en préphase
Real-Time Analysis
Notation de la qualité
Un score de qualité, ou « Q-score », permet de prédire la probabilité d’une erreur dans la
définition des bases. Un Q-score plus élevé implique qu’une définition des bases est de
plus haute qualité et a de plus fortes probabilités d’être correcte.
Le score de qualité constitue un moyen simple de communiquer les probabilités de petites
erreurs. On représente un score de qualité sous la forme « Q(X) », où X est le score. Le
tableau suivant montre la relation entre le score de qualité et la probabilité d’une erreur.
Score de qualité Q(X)
Q40
Q30
Q20
Q10
Probabilité d’une erreur
0,0001 (1 sur 10 000)
0,001 (1 sur 1 000)
0,01 (1 sur 100)
0,1 (1 sur 10)
REMARQUE
La notation de la qualité s’appuie sur une version modifiée de l’algorithme Phred.
La notation de la qualité calcule un ensemble d’indicateurs prévisionnels pour chaque
définition des bases, puis utilise ces valeurs pour rechercher un score de qualité dans un
tableau de qualité. Les tableaux de qualité servent à fournir des indicateurs de qualité
extrêmement précis pour des analyses générées par une configuration spécifique de
plateforme de séquençage et de version de chimie.
Une fois le score de qualité établi, les résultats sont enregistrés dans des fichiers de
définition des bases (*.bcl).
62
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Type de fichiers
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichiers de définition
des bases
Chaque plaque analysée est incluse dans un fichier de définition des
bases; ces fichiers sont rassemblés dans un fichier pour chaque ligne de
chaque cycle. Le fichier cumulé contient la définition des bases ainsi
que le score de qualité codé associé à chaque amplifiat de cette ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque ligne.
[Cycle].bcl.bgzf, dans lequel [Cycle] représente le numéro à quatre
chiffres du cycle. Les fichiers de définition des bases sont compressés à
l’aide du logiciel de compression gzip.
Fichier index de
définition des bases
Pour chaque ligne, un fichier index binaire indique les renseignements
sur la plaque d’origine dans une paire de valeurs pour chaque plaque,
qui sont le numéro et le nombre d’amplifiats de la plaque.
Les fichiers d’index de définition des bases sont créés la première fois
qu’un fichier de définition des bases est créé pour une ligne.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque ligne.
s_[Ligne].bci
Fichier d’emplacement
des amplifiats
Pour chaque plaque, les coordonnées XY de chaque amplifiat sont
rassemblées dans un fichier d’emplacement des amplifiats pour
chaque ligne. Les fichiers d’emplacement des amplifiats sont le résultat
de la génération du modèle.
Data\Intensities\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un dossier pour
chaque ligne.
s_[ligne].locs
Fichiers de filtrage
Les fichiers de filtrage spécifient si les amplifiats ont franchi les filtres.
Les renseignements de filtrage sont rassemblés dans un seul fichier de
filtrage pour chaque ligne et chaque lecture.
Les fichiers de filtrage sont générés au cycle 26 et portent sur 25 cycles
de données.
Data\Intensities\BaseCalls\L00[X] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque ligne.
s_[ligne].filter
Fichiers InterOp
Fichier de compte rendu binaire nécessaire pour le visualiseur
d’analyse de séquençage (SAV). Les fichiers InterOp sont mis à jour
tout au long de l’analyse.
Dossier InterOp
Fichier de configuration
RTA
Créé au début de l’analyse, le fichier de configuration RTA indique les
paramètres de l’analyse.
[Dossier racine], RTAConfiguration.xml
Fichier de
renseignements sur
l’analyse
Indique le nom de l’analyse, le nombre de cycles à chaque lecture, si la
lecture est une lecture indexée et le nombre de témoins et de plaques
sur la Flow Cell. Le fichier de renseignements sur l’analyse est créé au
début de l’analyse.
[Dossier racine], RunInfo.xml
Guide du système NextSeq 500
63
Fichiers de sortie de séquençage
Fichiers de sortie de séquençage
Real-Time Analysis
64
Type de fichiers
Description, emplacement et nom des fichiers
Fichier vignette
Une vignette pour chaque canal de couleur (rouge et vert) pour les
plaques 1, 6 et 12 depuis toutes les caméras, les surfaces hautes et
basses à chaque cycle au cours de l’imagerie.
Thumbnail_Images\L00[X]\C[X.1] : les fichiers sont stockés dans un
dossier pour chaque ligne et dans un sous-dossier pour chaque cycle.
s_[ligne]_[plaque]_[canal].jpg : dans le nom du fichier, la plaque est
représentée par un numéro à cinq chiffres qui indique la surface, le
témoin, la caméra et la plaque. Pour plus de renseignements, consultez
la section Numérotation des plaques à la page 66 et la section Nommage
des vignettes à la page 67.
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
La plaque est une petite zone d’imagerie sur la Flow Cell qui constitue pour la caméra
l’unité de vision. Le nombre total de plaques dépend du nombre de lignes, de témoins et de
surfaces imagés sur la Flow Cell, ainsi que de la façon dont les caméras fonctionnent
conjointement pour recueillir les images.
} Les Flow Cell à haut débit comportent 864 plaques au total.
} Les Flow Cell à débit moyen comportent 288 plaques au total.
Tableau 2 Plaques de la Flow Cell
Composant de la
Flow Cell
Débit
élevé
Débit
moyen
Lignes
4
4
Une ligne est un canal physique possédant
des ports d’entrée et de sortie dédiés.
Surfaces
2
2
La Flow Cell est imagée sur deux surfaces :
le dessus et le dessous. Le système image le
dessus d’une plaque, puis le dessous de la
même plaque avant de passer à la plaque
suivante.
Témoins par ligne
3
1
Un témoin est une colonne de plaques sur
une ligne.
Segments de caméra
3
3
L’instrument utilise six caméras pour
imager la Flow Cell en trois segments pour
chaque ligne.
Plaques par témoin par
segment de caméra
12
12
La plaque est la zone de la Flow Cell qui
constitue pour la caméra une unité
d’image.
Nombre total de
plaques imagées
864
288
Le nombre total de plaques est égal aux
lignes × surfaces × témoins × segments de
caméra × plaques par témoin par segment.
Description
Numérotation des lignes
Les lignes 1 et 3, appelées paire de lignes A, sont imagées simultanément. Les lignes 2 et 4,
appelées paire de lignes B, sont imagées lorsque l’imagerie de la paire de lignes A est
terminée.
Figure 27 Numérotation des lignes
Guide du système NextSeq 500
65
Plaques de la Flow Cell
Plaques de la Flow Cell
Real-Time Analysis
A
B
Paire de lignes A : lignes 1 et 3
Paire de lignes B : lignes 2 et 4
Numérotation des témoins
Chaque ligne est imagée en trois témoins. Les témoins sont numérotés de 1 à 3 pour les
Flow Cell à débit élevé.
Figure 28 Numérotation des témoins
Numérotation des caméras
Le système NextSeq 500 utilise six caméras pour l’imagerie de la Flow Cell.
Les caméras sont numérotées de 1 à 6. Les caméras 1 à 3 effectuent l’imagerie de la ligne 1.
Les caméras 4 à 6 effectuent l’imagerie de la ligne 3. Une fois l’imagerie des lignes 1 et 3
effectuée, le module d’imagerie se déplace sur l’axe X pour effectuer l’imagerie des lignes 2
et 4.
Figure 29 Numérotation des caméras et des segments (Flow Cell à débit élevé illustrée)
Numérotation des plaques
Chaque témoin du segment de chacune des caméras comporte 12 plaques. Les plaques sont
numérotées de 01 à 12 dans un format de deux chiffres, peu importe le numéro du témoin
ou le segment de caméra.
66
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Le numéro complet de la plaque comporte cinq chiffres pour indiquer son emplacement
comme suit :
} Surface : 1 représente la surface supérieure, et 2, la surface inférieure
} Témoin : 1, 2 ou 3
} Caméra : 1, 2, 3, 4, 5 ou 6
} Plaque : 01, 02, 03, 04, 05, 06, 07, 08, 09, 10, 11 ou 12
Exemple : la plaque portant le numéro 12508 indique qu’il s’agit d’une surface supérieure,
du témoin 2, de la caméra 5 et de la plaque 8.
Le numéro complet à cinq chiffres de la plaque est utilisé dans le nom des vignettes et des
fichiers de mise en phase empirique. Pour obtenir plus de renseignements, consultez la
section Fichiers de sortie de séquençage à la page 63.
Nommage des vignettes
Une vignette pour chaque canal de couleur (rouge et vert) pour les plaques 1, 6 et 12 est
générée depuis toutes les caméras, les surfaces hautes et basses à chaque cycle au cours de
l’imagerie. Les fichiers de vignettes sont générés au format JPG.
Chaque nom d’image commence par s_ et reçoit ensuite les éléments que prévoit la
convention de dénomination suivante :
} Ligne : 1, 2, 3 ou 4
} Plaque : numéro de la plaque à cinq chiffres, correspondant à la surface, au témoin,
à la caméra et à la plaque
} Canal : rouge ou vert
Exemple : s_3_12512_green.jpg, qui correspond à la ligne 3, la surface supérieure,
le témoin 2, la caméra 5, la plaque 12 et le canal vert.
Guide du système NextSeq 500
67
Plaques de la Flow Cell
Figure 30 Numérotation des plaques
Real-Time Analysis
Structure du dossier de sortie
Le logiciel de commande génère automatiquement le nom du dossier de sortie.
Data
Intensities
BaseCalls
L001 : fichiers de définition des bases de la ligne 1, rassemblés dans un
fichier par cycle.
L002 : fichiers de définition des bases de la ligne 2, rassemblés dans un
fichier par cycle.
L003 : fichiers de définition des bases de la ligne 3, rassemblés dans un
fichier par cycle.
L004 : fichiers de définition des bases de la ligne 4, rassemblés dans un
fichier par cycle.
L001 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats de la ligne 1.
L002 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats de la ligne 2.
L003 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats de la ligne 3.
L004 : fichier *.locs rassemblant les emplacements des amplifiats de la ligne 4.
Images
Focus
L001 : images de mise au point de la ligne 1.
L002 : images de mise au point de la ligne 2.
L003 : images de mise au point de la ligne 3.
L004 : images de mise au point de la ligne 4.
InterOp : fichiers binaires utilisés par le visualiseur d’analyse de séquençage (SAV).
Logs : fichiers journaux décrivant les étapes de fonctionnement.
Recipe : fichier de formule propre à l’analyse portant l’identifiant de la cartouche de
réactifs.
RTALogs : fichiers journaux décrivant les étapes de l’analyse.
Thumbnail_Images : vignettes pour les plaques 1, 6 et 12 dans chaque témoin de
chaque cycle.
RTAComplete.xml
RTAConfiguration.xml
RunInfo.xml
RunNotes.xml
RunParameters.xml
68
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
A
aide
documentation 3
aide, technique 73
alertes d’état 5
amplifiats passant par le filtre 59
analyse
fichiers de sortie 63
analyse temps réel
mise en phase 60
analyse, primaire
pureté du signal 59
arrêter l’instrument 40
assistance clientèle 73
assistance technique 73
B
barre d’état 4
BaseSpace 2
connexion 24
icônes de transfert 31
bouton d’alimentation 6, 12
C
cartouche de réactifs
préparation 20
présentation 8
réservoir nº 28 36
cartouche de tampon 9, 26
compartiment d’imagerie 4
compartiment de réactifs 4
compartiment du tampon 4
compatibilité
Flow Cell, cartouche de réactifs 7
suivi RFID 7-8
composants
barre d’état 4
compartiment d’imagerie 4
compartiment de réactifs 4
compartiment du tampon 4
configuration autonome 28
configuration de BaseSpace 28
configuration de l’analyse, option
avancée 14
consommables 7
analyses de séquençage 15
cartouche de réactifs 8
cartouche de tampon 9
consommables de lavage 35-36
eau de laboratoire 15
Flow Cell 7
maintenance de l’instrument 15
consommables fournis par
l’utilisateur 15
cycles d’une lecture 18
Guide du système NextSeq 500
Index
Index
D
définition des bases 61
dépannage
fichiers spécifiques à lʼanalyse 43
indicateurs de basse qualité 47
options pour communiquer avec
nous 42
réservoir des réactifs usagés 46
vérification avant analyse 44
dépannage du système
vérification du système 51
documentation 3, 73
durée de l’analyse 18
É
éliminer les consommables 14
E
emplacement des amplifiats
fichiers 63
génération du modèle 60
emplacement du dossier 28
erreurs de vérification avant analyse 44
erreurs et avertissements 5
F
fichiers de définition des bases 63
fichiers de filtrage 63
fichiers de sortie 63
fichiers de sortie, séquençage 63
fichiers InterOp 43, 63
fichiers locs 63
filtre de pureté 59
Flow Cell
broches d’alignement 24
dénomination du fichier image 67
emballage 21
imagerie 66
inspection 21
joints de port 21
nettoyage 21
nombre de témoins 66
numérotation des lignes 65
numérotation des plaques 66
paires de lignes 7
plaques 65
présentation 7
réhybridation 47
types 2
flux de travail
cartouche de réactifs 20, 26
cartouche de tampon 26
connexion à BaseSpace 24
durée de l’analyse 18
Flow Cell 24
69
Index
hypochlorite de sodium 36
indicateurs de l’analyse 30
mode autonome 28
mode BaseSpace 28
option de chargement avancé 14
porte du compartiment de Flow
Cell 24
préparation de la Flow Cell 21
présentation 19
réactifs usagés 25
séquençage 60
vérification avant analyse 29
flux de travail de séquençage 60
formamide, position 6 27
formation en ligne 3
G
génération du modèle 60
gérer l’instrument
arrêt 40
personnalisation 13
H
hypochlorite de sodium, lavage 36
I
icônes
erreurs et avertissements 5
état 5
imagerie, séquençage à deux canaux 61
indicateurs
cycles d’intensité 30
cycles de densité des amplifiats 30
définition des bases 61
indicateurs de l’analyse 30
instrument
bouton d’alimentation 6
démarrage 12
paramètres de configuration 55
intensités 61
interrupteur d’alimentation 12
70
M
maintenance de l‘instrument
consommables 15
maintenance préventive 34
message d’erreur RAID 54
mise à jour logicielle 38
mise en phase empirique 60
mise en phase, mise en préphase 60
N
nom d’utilisateur et mot de passe 12
nom d’utilisateur et mot de passe du
système 12
nom de l’avatar 13
nom de l’instrument,
personnalisation 13
numérotation des caméras 66
numérotation des lignes 65
numérotation des plaques 66
numérotation des témoins 66
O
option de chargement avancé 13-14
P
paires de lignes 65
paramètres de configuration 55
paramètres de l’analyse
mode autonome 28
mode BaseSpace 28
modifier les paramètres 28
passant par le filtre (PF) 59
personnalisation 13
porte du compartiment de Flow Cell 24
préventive, maintenance 34
probabilité d'erreur 62
Q
Q-scores 62
L
R
lavage
automatique 32
composants de lavage 35
consommables fournis par
l’utilisateur 35
lavage manuel 35
lavage après analyse 32
lavage de l’instrument 35
logiciel
analyse d’image, définition des
bases 5
configuration de l’instrument 13
durée de l’analyse 18
initialisation 12
mise à jour automatique 38
mise à jour manuelle 38
paramètres de configuration 55
sur instrument 5
logiciel de commande 5
logiciel Real-Time Analysis 2, 5
résultats 63
longueur de lecture 18
réactifs
mise au rebut adéquate 26
sous forme de trousse 7
réactifs usagés
élimination 25
mise au rebut 37
réservoir plein 46
recommandations relatives à l’eau de
laboratoire 15
réhybridation de primer 47
réhybridation, lecture 1 47
RTA v2
arrêt 58
présentation 58
RunInfo.xml 43, 63
S
scores de qualité 62
algorithme Phred 62
séquençage
consommables fournis par
l'utilisateur 15
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Index
service de copie de l’analyse 31
suivi RFID 7
T
transfert de données
icônes d’activité 31
service de copie de l’analyse 31
V
vérification avant analyse 29
vérification du système 51
vignettes 64
visualiseur d’analyse de séquençage 18
Guide du système NextSeq 500
71
Index
72
Support nº 20001879
Document nº 15046563 v01 FRA
Pour obtenir une assistance technique, communiquez avec l’assistance technique
d’Illumina.
Tableau 3 Coordonnées générales d’Illumina
Site Web
www.illumina.com
Courriel
techsupport@illumina.com
Tableau 4 Numéros de téléphone de l’assistance clientèle d’Illumina
Région
Numéro de la
Région
personne-ressource
Amérique du Nord
+(1) 800 809 4566
Irlande
Allemagne
0800 180 8994
Italie
Australie
1 800 775 688
Norvège
Autriche
0800 296575
Nouvelle Zélande
Belgique
0800 81102
Pays-Bas
Danemark
80882346
Royaume-Uni
Espagne
900 812168
Suède
Finlande
0800 918363
Suisse
France
0800 911850
Autres pays
Numéro de la
personne-ressource
+(1) 800 812 949
800 874909
800 16836
0800 451 650
0800 0223859
0800 917 0041
020790181
0800 563118
+(44) 179 534 000
Fiches signalétiques : disponibles sur le site Web d’Illumina à l’adresse
support.illumina.com/sds.html.
Documentation du produit : disponible en téléchargement au format PDF sur le site Web
d’Illumina. Accédez au site support.illumina.com, sélectionnez un produit, puis
sélectionnez Documentation & Literature (Documentation et littérature).
Guide du système NextSeq 500
73
Assistance technique
Assistance technique
*20001879*
*20001879*
Support nº 20001879
Illumina
5200 Illumina Way
San Diego, Californie 92122 États-Unis
+1.800.809.ILMN (4566)
+(1) 858 202 4566 (en dehors de l’Amérique du Nord)
techsupport@illumina.com
www.illumina.com
">