Procédures de contrôle qualité. illumina MiSeqDx 1.0
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Procédures de contrôle qualité
Les bonnes pratiques de laboratoire exigent qu’un échantillon d’ADN de contrôle positif et qu’un échantillon de contrôle négatif (sans modèle) soient inclus dans chaque analyse. L’échantillon d’ADN de contrôle positif doit être un
échantillon bien caractérisé avec des variants connus dans la région d’intérêt.
• Si un contrôle sans modèle génère un débit d’appel > 10 %, alors une contamination dans le contrôle sans modèle s’est produite. Le test est considéré comme un échec et l’ensemble du protocole doit être répété, et ce, à partir de la préparation de la librairie.
• L'échantillon de contrôle positif doit générer le résultat attendu. Si le contrôle positif génère un résultat différent de celui attendu, alors il y a peut-être eu une erreur dans le suivi de l’échantillon ou un enregistrement incorrect des primers d’index. L’ensemble du protocole doit être répété, et ce, à partir de la préparation de la librairie.
Caractéristiques de performance
Précision
Deux études distinctes ont été menées pour évaluer la précision de la plateforme MiSeqDx.
Étude 1
Cette étude a utilisé un test représentatif conçu pour étudier divers gènes couvrant 24 434 bases sur 19 chromosomes différents et contenant des exons potentiellement pertinents d’un point de vue clinique. Les 13 échantillons uniques utilisés dans cette étude proviennent de deux parents et 11 enfants qui ont été fréquemment séquencés par plusieurs laboratoires et selon plusieurs méthodes de séquençage. Il y a six échantillons de sujets féminins et sept échantillons de sujets masculins. La précision a été déterminée pour les variants mononucléotides (SNV) en comparant les données de l’étude à une base de données de référence bien caractérisée. La séquence de la base de données de référence a été obtenue à partir de la combinaison de plusieurs méthodes de séquençage, de données accessibles au public et de renseignements sur l’hérédité. Le tableau suivant permettant d’évaluer la précision du système a été établi à partir des données de la première analyse au cours de l’étude. Le test n’a pas été répété pour cette étude.
Les résultats de cette étude sont présentés ci-dessous.
20
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
13
14
11
12
8
9 8
10
6
7
4
5
2
3
15
16
17
Tableau 14 Données de précision de niveau amplicon de l’étude 1 pour la plateforme MiSeqDx
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
1 1 132 13 15 132
2
3
2
2
2
2
2
2
2
2
2
1
2
3
3
3
121
114
129
131
110
131
117
128
133
119
127
135
122
130
130
117
Poly C (5),
63 % en GC
-
Poly T (5)
-
Poly T (5)
Poly A (6)
Poly T (5),
Poly C (5)
-
Poly T (5)
Poly A (14)
-
-
-
-
-
Poly A (5)
Poly A (5),
Poly T (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
121
114
129
131
110
130-131
117
128
133
119
127
135
122
130
130
117
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
130
130
117
128
133
119
127
135
122
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
132
Nombre d’appels incorrects
6
0
% d’appels corrects 7
100
121
114
129
131
110
130-131
117
0
0
0
0
0
9
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
99,54
100
21
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
20
21
18
19
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
3
3
136
131
22
23
24
25
26
27
28
29
3
3
3
4
4
4
4
3
3
4
123
117
119
123
134
132
120
129
133
135
Contenu génomique de l’amplicon
Poly T (5)
Poly T (5),
SNV
Poly A (5)
Poly A (6),
Poly T (5),
Région homologue sur un chromosome différent
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly T (5)
-
-
Poly C (7),
66 % en GC
Poly C (5),
69 % en GC
SNV
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
123
117
119
120
129
133
135
123
134
132
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
136
131
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
136
131
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
123
117
119
120
129
133
135
123
134
132
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
22
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
31
34
35
32
33
38
39
36
37
40
43
44
45
41
42
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
30 4 121
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
125
134
118
122
131
133
128
131
129
133
112
133
135
122
117
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
-
-
Poly T (6)
-
Poly A (5),
Poly T (5),
SNV
Poly T (5),
SNV
-
SNV
-
Poly A (5),
SNV
-
Poly T (5)
-
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
13
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
121
Nombre d’aucunappel
4
0
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
125
134
118
122
131
133
128
131
129
133
112
133
135
122
117
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
125
134
118
122
131
133
128
131
129
112
133
135
122
117
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
121
Nombre d’appels incorrects
6
0
% d’appels corrects 7
100
133
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
59
60
57
58
55
56
53
54
63
64
61
62
51
52
49
50
46 9
47
48
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
5
5
5
5
5
5
4
4
5
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
120
119
118
112
126
132
131
119
120
120
115
112
123
133
112
129
124
117
128
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
-
-
-
-
-
Poly A (5)
-
Poly T (5)
Poly A (7)
-
-
-
Poly A (6)
-
Poly A (5)
CT(5)
SNV
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
120
119
118
112
126
132
131
119
120
120
115
112
123
133
112
129
125
117
128
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
120
119
118
112
126
132
131
119
120
120
115
112
123
133
112
129
125
117
128
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
24
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
76
77
78
71
72
69
70
73
74
79
80
65
66
67
68
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
5
5
5
5
135
131
121
132
75 7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
123
125
133
133
120
135
126
134
122
127
116
135
Contenu génomique de l’amplicon
-
Poly T (6)
63 % en GC
Poly A (6),
Poly T (8)
-
60 % en GC
-
-
-
-
Poly A (5),
59 % en GC
Poly C (5),
63 % en GC
59 % en GC;
SNV
-
-
Poly A (5),
Poly T (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
135
131
121
132
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
134
122
127
123
125
133
133
120
135
126
116
135
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
133
120
135
126
123
125
133
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
135
131
121
132
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
134
122
127
116
135
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
25
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
89
90
87
88
85
86
91
92
93
81
82
83
84
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
7
7
7
7
118
136
131
119
94
95 10
9
9
8
8
7
7
9
9
9
9
9
122
123
127
129
130
116
119
121
117
114
129
Contenu génomique de l’amplicon
-
67 % en GC
58 % en GC
Poly G (6),
61 % en GC
Poly T (5)
Poly A (6)
60 % en GC
57 % en GC
-
Poly T (5)
-
Région homologue sur un chromosome différent
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly A (14)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
122
123
127
129
130
116
119
121
117
114
130
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
118
136
131
119
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
122
123
127
129
130
116
119
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
118
136
131
119
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
121
117
114
129 (sur 130)
0
0
0
0
0
0
0
0
15
0
0
100
100
100
99,23
100
100
100
100
100
100
100
26
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
96 9 114
9
9
9
9
9
10
10
9
10
9
9
9
9
122
127
133
138
139
116
133
138
136
118
128
120
139
Contenu génomique de l’amplicon
Région homologue sur un chromosome différent
SNV
-
Poly A (5),
Poly C (5)
-
64 % en GC
-
-
Poly A (5),
57 % en GC
57 % en GC
Poly C (5),
67 % en GC
70 % en GC
62 % en GC
60 % en GC
58 % en GC;
SNV
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
13
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
122
127
138
136
118
128
120
139
133
138
139
116
133
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
114
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
133
138
139
116
133
118
128
120
139
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
114
Nombre d’appels incorrects
6
0
% d’appels corrects 7
100
122
127
138
136
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
27
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
113
114
115
110
111
112
10
10
10
10
10
10
129
122
124
118
123
121
116
117
118
119
120
121
122
123
10
10
10
10
10
10
10
10
135
135
119
125
131
117
116
129
Contenu génomique de l’amplicon
-
57 % en GC
Poly T (5)
-
26 % en GC
Poly T (5);
Région homologue sur un chromosome différent
CA (4)
Poly A (6);
Région homologue sur un chromosome différent
-
-
Poly C (5);
SNV
-
-
58 % en GC
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
135
135
119
125
131
117
116
129
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
129
122
124
118
123
121
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
135
135
119
125
131
117
116
129
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
129
122
124
118
123
121
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
28
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
11
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
127
128
129
130
124
125
126
131
132
133
134
129
121
123
127
117
117
113
136
132
115
117
135
136
137
138
139
11
11
11
11
11
134
131
133
137
131
Contenu génomique de l’amplicon
Poly T (10)
Poly T (5)
Poly A (5)
-
Poly T (5)
-
Poly A (6)
Poly T (6)
Poly T (5)
-
Poly T (8);
19 % en GC
Poly A (5);
Poly T (5)
Poly A (5)
26 % en GC;
SNV
Poly T (8);
SNV
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
129
121
123
127
117
117
113
136
132
115
117
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
15
15
15
15
15
134
131
133
137
131
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
129
121
123
127
117
117
113
136
132
115
117
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
134
131
133
137
131
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
29
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
152
153
154
155
156
157
13
13
13
13
13
12
13
12
12
12
12
12
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
147
148
149
150
151
143
144
145
146
140
141
142
116
133
117
124
123
136
124
122
122
131
128
133
13
13
13
13
13
13
115
125
121
123
114
119
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
-
-
-
-
Poly A (5)
-
-
-
59 % en GC
-
Poly C (5)
SNV
Poly T (6)
Poly T (5);
26 % en GC
-
Poly A (5)
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
116
133
117
124
123
136
124
122
122
131
128
133
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
15
15
15
15
15
15
115
125
121
123
114
119
0
0
0
0
0
0
115
125
121
123
114
119
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
116
133
117
124
123
136
124
122
122
131
128
133
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
30
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
166
167
168
169
170
171
172
173
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
161
162
163
164
158
159
160
165
17
17
16
17
14
16
16
17
123
119
119
135
122
122
121
116
17
17
17
17
17
17
17
17
123
116
118
129
131
127
118
138
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
58 % en GC
-
Poly C (5)
-
61 % en GC
Poly C (6);
60 % en GC;
SNV
-
62 % en GC
-
Poly C (5);
65 % en GC
Poly G (6);
67 % en GC;
SNV
61 % en GC
Poly C (5)
61 % en GC
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
123
119
119
135
122
122
121
116
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
15
15
15
15
15
15
15
15
123
116
118
129
131
127
118
138
0
0
0
0
0
0
0
0
123
116
118
129
131
127
118
138
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
123
119
119
135
122
122
121
116
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
31
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
184
185
186
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
177
178
179
180
174
175
176
181
182
183
18
18
18
18
17
18
18
18
18
19
134
129
133
118
131
112
124
114
118
122
19
19
19
139
131
141
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
58 % en GC
-
-
-
Poly A (6)
-
60 % en GC
Poly G (6);
66 % en GC
64 % en GC
67 % en GC
59 % en GC;
Région homologue sur un chromosome différent
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
15
139
131
141
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
134
129
133
118
131
112
124
114
118
122
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
139
131
141
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
134
129
133
118
131
112
124
114
118
122
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
% d’appels corrects 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
100
100
100
32
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
188
189
190
191
192
193
Amplicon Chromosome
Taille du fragment analysé
1
187 19 121
194
195
19
20
19
19
22
22
22
22
138
123
138
117
136
122
122
119
Contenu génomique de l’amplicon
Poly C (5);
72 % en GC;
Région homologue sur un chromosome différent
58 % en GC
64 % en GC
-
Poly T (5)
Poly A (7)
Poly A (5);
Poly C (5)
62 % en GC;
SNV
66 % en GC
13
13
13
13
13
13
13
13
Nombre d’échantillons uniques
13
Nombre total d’échantillons analysés
2
15
15
15
15
15
15
15
15
15
138
123
138
117
136
122
122
119
Nombre d’appels par échantillon ayant été effectués
3
121
Nombre d’aucunappel
4
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels corrects par échantillon
5
121
138
123
138
117
136
122
122
0
0
0
0
0
0
Nombre d’appels incorrects
6
0
0
100
100
100
100
100
100
% d’appels corrects 7
100
100
119 0 100
1 S’entend par « fragment analysé » la taille de la région génomique séquencée dans les bases, sans prendre en compte les primers spécifiques à la cible.
2
3
Le nombre total d’échantillons répertoriés est de 15, car deux des 13 échantillons uniques analysés ont été analysés en deux réplicats indépendants.
Le nombre d’appels par échantillon ayant été effectués est le nombre de bases ayant une qualité suffisante pour être définis par le système.
4 Le nombre d’aucun-appels est le nombre de bases dans un amplicon entraînant aucun appel dans l’analyse.
5 Le nombre d’appels corrects par échantillon est le nombre de bases dans l’amplicon qui ont été définies et ayant des résultats correspondant à la séquence de référence du génome
6 humain version 19 et la référence composite bien caractérisée.
Le nombre d’appels incorrects est le nombre total d’appels incorrects pour le SNV ou l’indel dans cet amplicon; des détails supplémentaires sur les appels incorrects sont présentés dans
7 les notes de bas de page ci-dessous.
Le % d’appels corrects correspond au taux d’appels corrects pour toutes les bases dans l’amplicon, où l’appel correct pour le SNV ou l’indel est basé sur les renseignements de référence composite bien caractérisée et l’appel correct pour les bases dans le reste de la séquence de l’amplicon est basé sur la comparaison de la séquence de référence du génome humain version 19. Cette colonne peut afficher plus d’un résultat prévu pour un amplicon donné si certains échantillons contiennent un indel et d’autres non, par exemple, l’amplicon 9. Le % d’appels corrects pour les échantillons avec un résultat incorrect est présenté dans le tableau.
33
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
8
L’amplicon 9 a une analyse d’homopolymères de 14 A selon la séquence de référence du génome humain version 19. Toutefois, les renseignements de référence composite bien caractérisée pour sept des 13 échantillons ont 13 A dans cette analyse d’homopolymères. Dans ces sept échantillons, cette suppression d’une paire de bases représente un faux négatif
9 dans l’étude de précision de séquençage MiSeqDx.
L’amplicon 46 a une insertion de bases qui est rapportée dans neuf échantillons dans la base de données de référence bien caractérisée et est correctement détectée dans tous les
10
échantillons analysés.
L’amplicon 95 a une analyse d’homopolymères de 14 A selon la séquence de référence du génome humain version 19. Cependant, les séquences de référence composite bien caractérisée pour 13 des 13 échantillons ont 15 A dans cette analyse d’homopolymères. Dans ces 13 échantillons, cette insertion de paire de bases représente un faux négatif dans l’étude de précision de séquençage MiSeqDx.
34
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
NA12877
NA12878
NA12879
NA12880
NA12881
NA12882
NA12883
NA12884
NA12885
NA12886
NA12887
NA12888
NA12893
Le tableau suivant contient les données de l’Étude 1 présentées avec la concordance positive et négative en pour cent, où les résultats des variants sont comparés aux renseignements de référence composite bien caractérisée pour le calcul de la concordance positive en pour cent (CPP). Étant donné que les renseignements de référence composite fournissent uniquement des résultats pour les variants mononucléotides et les insertions/suppressions, les résultats des bases sans variants sont comparés à la séquence de référence du génome humain version 19 pour le calcul de la concordance négative en pour cent (CNP). Toutes les bases sans variants avaient un taux de concordance de 100 % avec la séquence de référence. Tous les SNV avaient un taux de concordance de 100 % avec la séquence de référence. Les variants qui ont
été manqués étaient des insertions d’une base ou des suppressions d’une base dans les régions d’homopolymères.
Tableau 15 Concordance des résultats des définitions des bases de la plateforme MiSeqDx avec les données de référence pour
13 échantillons bien caractérisés
Échantillon
Nbre d’amplicons
% de couverture d’amplicons 1
Variants attendus par échantillon 2
Variants correctement appelés
Variants
3 manqués
Bases sans variants appelées correctement
CPP 4
(%)
CNP 5 (%)
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
195
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
19
24
19
22
20
24
21
22
16
20
20
19
19
18
23
17
20
18
23
20
20
15
19
18
17
17
1
1
2
2
2
1
1
2
1
1
2
2
2
24417
24415
24416
24412
24417
24415
24419
24412
24415
24418
24417
24416
24417
89,47
90,91
94,74
95,83
90,00
90,91
93,75
95,83
95,24
89,47
89,47
95,00
90,00
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
1 Le pourcentage de couverture d’amplicons est le nombre de bases dans les amplicons séquencées avec fiabilité.
2
3
Les variants prévus par échantillon comprennent les SNV et les indels.
Pour les variants manqués, veuillez consulter le premier tableau de l’étude 1 et les notes de bas de page 8 à 10.
4 Concordance positive en pour cent (CPP) = 100 × TP/(TP + FN), où les vrais positifs (TP) sont le nombre d’appels de variants positifs aux coordonnées génomiques où sont présents les variants selon la séquence de référence et l’allèle mutant appelé est concordant avec la séquence de référence (colonne nommée « Variants appelés correctement ») et les faux négatifs (FN) sont le nombre d’appels de variants négatifs aux coordonnées génomiques où sont présents les variants selon la séquence de référence (colonne nommée
5
« Variants manqués »).
Concordance négative en pour cent (CNP) = 100 × TN/(FP + TN) où les faux positifs (FP) sont le nombre d’appels de variants positifs aux coordonnées génomiques où sont absents les variants selon la séquence de référence, ou si l’allèle mutant appelé est discordant avec la séquence de référence (non référencé dans le tableau; aucun appel de variants faux positifs n’a été effectué dans cette étude) et les vrais négatifs (TN) sont le nombre d’appels de variants négatifs aux coordonnées génomiques où sont absents les variants selon la séquence de référence (colonne nommée « Bases sans variants appelées correctement »).
Étude 2
Les résultats de séquençage pour le panel d’amplicons ci-dessus ont été comparés à un génotype d’une grande fiabilité
établi pour NA12878 par le National Institutes of Standards and Technology (NIST, Institut national des normes et de la
Février 2015
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Trousse universelle MiSeqDx 1.0
technologie) (v.2.15
1 ). Sur les 195 amplicons, 184 amplicons étaient compris dans les appels de référence d’une grande fiabilité dans la séquence du NIST et ont été comparés. Les définitions des bases sans variants ont été comparées à la séquence du génome humain de référence version 19.
Tableau 16 Comparaison des résultats de séquençage de la plateforme MiSeqDx pour l’échantillon NA12878 avec la base de données du NIST
Échantillon
Nbre d’amplicons
% de couverture d’amplicons 2
Variants attendus
Variants correctement appelés
Variants manqués
Bases sans variants appelées correctement
CPP 3
(%)
CNP 4
(%)
NA12878 184 100 17 16 1 5 23066 94,12 100
1 Zook, JM et coll. Integrating sequencing datasets to form highly confident SNP and indel genotype calls for a whole human genome.
2 arXiv:1307.4661 [q-bio.GN].
Le pourcentage de couverture d’amplicons est le nombre de bases dans les amplicons séquencées avec fiabilité.
3 Concordance positive en pour cent (CPP) = 100 × TP/(TP + FN).
4
5
Concordance négative en pour cent (CNP) = 100 × TN/(FP + TN).
Le variant manqué est la suppression d’une paire de bases dans l’amplicon 9 d’une analyse homopolymère de 14 A non appelés par le système MiSeqDx présente dans la séquence NIST. Notez que la séquence NIST n’inclut pas l’insertion d’une paire de bases dans l’autre homopolymère de A qui était présent dans l’autre base de données de référence utilisée ci-dessus dans l’étude 1.
Les données qui ressortent de ces études de précision confirment que la plateforme MiSeqDx peut séquencer avec précision les éléments suivants.
• Teneur en GC ≥ 19 % (toutes les bases dans 135 des 135 amplicons séquencés ayant un taux de 19 % de teneur en GC appelé correctement)
• Teneur en GC ≤ 72 % (toutes les bases dans 135 des 135 amplicons séquencés ayant un taux de 72 % de teneur en GC appelé correctement)
• Longueurs de PolyA ≤ 7 (la répétition PolyA de sept nucléotides a été appelée correctement dans 270 des
270 amplicons séquencés contenant PolyA = 7)
• Longueurs de PolyT ≤ 8 (la répétition PolyT de huit nucléotides a été appelée correctement dans 270 des
270 amplicons séquencés contenant PolyT = 8)
• Longueurs de PolyG ≤ 6 (la répétition PolyG de six nucléotides a été appelée correctement dans 405 des
405 amplicons séquencés contenant PolyG = 6)
• Longueurs de PolyC ≤ 7 (la répétition PolyC de sept nucléotides a été appelée correctement dans 135 des
135 amplicons séquencés contenant PolyC = 7)
• Longueurs de répétition de dinucléotides ≤ 5 × (toutes les bases dans 135 des 135 amplicons séquencés avec une répétition de dinucléotides de 5 × ont été appelées correctement)
• Longueurs de répétition de trinucléotides ≤ 4 × (toutes les bases dans 810 des 810 amplicons séquencés avec une répétition de trinucléotides de 4 × ont été appelées correctement)
• Insertions d’une base et suppression de trois bases ou moins
— Deux des trois insertions d’une base testées ont été appelées correctement. Des appels corrects ont été effectués pour deux insertions d’une base dans des régions non homopolymères dans 82 amplicons. Une insertion d’une base n’a pas été appelée dans une analyse d’homopolymères de 14 A sur le chromosome 2 dans 135 amplicons.
— Trois des quatre suppressions d’une base ont été appelées correctement. Tous les appels corrects ont été effectués dans des régions non homopolymères dans quatre amplicons. Une suppression d’une base n’a pas été appelée dans une analyse d’homopolymères de 14 A sur le chromosome 9 dans 63 amplicons.
— La suppression de deux bases a été appelée correctement dans un échantillon.
— Les suppressions de trois bases ont été appelées correctement dans 21 échantillons.
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