Reproductibilité. illumina MiSeqDx 1.0
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Reproductibilité
La reproductibilité de la plateforme MiSeqDx a été déterminée à l’aide de deux tests représentatifs.
Étude 1
Un test représentatif a été conçu pour étudier divers gènes couvrant 24 434 bases sur 19 chromosomes différents et contenant des exons potentiellement pertinents sur le plan clinique. L’étude a permis d’examiner 13 échantillons au cours de neuf analyses à l’aide de trois instruments MiSeqDx différents avec le concours de trois opérateurs distincts
(
ont été utilisés. Les 13 échantillons provenaient de deux parents et 11 enfants qui avaient été fréquemment séquencés par plusieurs laboratoires et selon plusieurs méthodes de séquençage. Deux échantillons ont été analysés en double exemplaire, donc chaque analyse a généré des résultats pour 15 échantillons.
Pour l’évaluation de la reproductibilité d’un lot à l’autre, 94 échantillons et deux contrôles sans modèle ont été testés dans l’ensemble des trois lots. Chaque lot a été scindé en deux analyses de 48 échantillons pour tester tous les réactifs et les combinaisons de primers d’index possibles. Toutes les analyses de séquençage ont été réalisées par un seul opérateur sur un seul instrument MiSeqDx pour éviter toute variation éventuelle due à l’opérateur ou à l’instrument
(
Des appels corrects ont été déterminés pour les variants mononucléotides (SNV) en comparant les données de l’étude à des renseignements de référence bien caractérisée. Il n’y a eu aucun échec d’analyse ou répétition d’analyse pour l’étude de reproductibilité. Les tableaux suivants contiennent les résultats des études destinées à évaluer la reproductibilité du système.
Février 2015
Référence 15039608, rév. B FRA
|
37
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
12
13
14
10
11
8
9
6
7
4
5
2
3
Tableau 17 Résultats de la reproductibilité d’instrument-à-instrument de l’étude 1 pour la plateforme MiSeqDx (au niveau de l’amplicon)
MiSeqDx 1 MiSeqDx 2 MiSeqDx 3
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
1 1 132 135 0 0 100 23 6 0 99,61 7 39 6
15
2
2
2
2
1
2
2
2
3
2
2
2
2
3
114
129
131
110
131
117
121
128
133
119
127
135
122
130
Poly C (5);
63 % en GC
-
Poly T (5)
-
Poly T (5)
Poly A (6)
Poly T (5);
Poly C (5)
-
-
-
Poly T (5)
Poly A (14)
-
Poly A (5)
Poly A (5);
Poly T (5)
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
27 8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
99,54
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
27 8
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
99,54
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
27 8
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
99,34 7
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
99,54
100
100
38
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
3
3
3
3
3
3
3
3
3
4
4
4
4
130
117
136
131
123
117
119
120
129
133
135
123
134
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
Poly T (5)
Poly T (5);
SNV
Poly A (5)
Poly A (6);
Poly T (5);
Région homologue sur un chromosome différent
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly T (5)
Poly C (7);
66 % en GC
Poly C (5);
69 % en GC
-
SNV
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
100
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
MiSeqDx 3
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
39
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
40
41
42
43
31
34
35
32
33
38
39
36
37
29
30
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
4
132
121
125
134
118
122
131
133
128
131
129
133
112
133
135 -
-
-
Poly T (6)
-
Poly A (5);
Poly T (5);
SNV
Poly T (5);
SNV
SNV
-
-
Poly A (5);
SNV
-
Poly T (5)
-
Poly A (5)
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
135
135
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
0
0
MiSeqDx 3
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
40
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
131
119
120
119
112
129
126
132
118
112
120
117
128
123
133
122
117
124
5
5
5
5
4
4
4
4
5
5
5
4
4
4
4
4
4
4
57
58
55
56
53
54
51
52
59
60
61
49
50
47
48
44
45
46
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
-
-
-
-
-
-
-
-
Poly A (5)
-
-
-
Poly T (5)
Poly A (7)
-
Poly A (6)
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
MiSeqDx 3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
41
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
73
74
75
76
67
68
65
66
62
63
64
71
72
69
70
135
131
121
132
120
115
112
5
5
5
5
5
5
5
7
7
7
7
133
120
135
126
7
7
134
122
7 127
7 123
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
Poly A (5)
CT(5)
SNV
Poly T (6)
63 % en GC
-
Poly A (6);
Poly T (8)
-
60 % en GC
-
Poly A (5);
59 % en GC
-
Poly C (5);
63 % en GC
-
59 % en GC;
SNV
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
100
100
100
100
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
MiSeqDx 3
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
42
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
77
78
79
82
83
80
81
84
89
90
87
88
85
86
91
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
7
7
7
7
7
7
7
7
7
7
9
9
8
8
9
125
133
116
135
118
136
131
119
122
123
127
129
130
116
119
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
Poly A (5);
Poly T (5)
-
-
67 % en GC
58 % en GC
Poly G (6);
61 % en GC
Poly T (5)
Poly A (6)
60 % en GC
57 % en GC
-
Poly T (5)
Région homologue sur un chromosome différent
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
135
135
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
0
0
MiSeqDx 3
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
43
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
92
93
97
98
94
95
96
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
99
100
101
102
103
104
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
121
117
114
129
114
122
127
133
138
139
116
133
138
Contenu génomique de l’amplicon
-
Région homologue sur un chromosome différent
-
Poly A (14)
Région homologue sur un chromosome différent;
SNV
-
-
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-
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-
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57 % en GC
57 % en GC
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
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135
135
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0
0
0
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100
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9
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99.22
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9
100
99.22
100
100
100
100
100
100
100
100
100
44
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
9
9
10
10
10
10
10
10
10
10
10
10
136
118
128
120
139
118
123
121
129
122
124
135
Contenu génomique de l’amplicon
Poly C (5);
67 % en GC
70 % en GC
62 % en GC
60 % en GC
58 % en GC;
SNV
57 % en GC
-
Poly T (5)
-
26 % en GC
Poly T (5);
Région homologue sur un chromosome différent
CA (4)
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
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100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
45
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
117
118
10
10
11
11
11
11
11
11
11
11
10
10
10
10
10
126
127
128
129
130
131
122
123
124
125
119
120
121
135
119
125
131
117
116
129
117
117
113
129
121
123
127
136
Contenu génomique de l’amplicon
-
58 % en GC
Poly T (10)
Poly T (5)
-
Poly A (5)
-
Poly T (5)
Poly A (6)
Poly T (6)
-
-
-
Poly A (6);
Région homologue sur un chromosome différent
Poly C (5);
SNV
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
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MiSeqDx 2
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MiSeqDx 3
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0
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100 0 0
Nombre total d’appels incorrects 4
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100
100
100
100
100
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100
100
100
100
100
100
100
46
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
135
136
137
132
133
134
138
139
140
141
142
143
144
145
146
11
11
11
132
115
117
11 134
11
11
131
133
11 137
131
131
128
133
136
124
122
122
12
12
12
12
11
12
12
13
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
-
Poly T (5)
Poly T (8);
19 % en GC
Poly A (5);
Poly T (5)
Poly A (5)
SNV;
26 % en GC
Poly T (8);
SNV
-
Poly A (5)
-
-
-
Poly A (5)
-
59 % en GC
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
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0
0
0
0
0
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MiSeqDx 2
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100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
MiSeqDx 3
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
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0
100
100
100
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100
100
100
100
100
100
100
100
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0
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100
100
100
100
100
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100
100
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100
100
100
100
100
100
100
100
100
47
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
158
159
160
161
162
163
152
153
154
155
156
157
147
148
149
150
151
13
13
13
13
13
116
133
117
124
123
122
122
121
123
119
119
115
125
121
123
114
119
16
16
14
16
17
17
13
13
13
13
13
13
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
-
Poly C (5)
SNV
Poly T (6)
Poly T (5);
26 % en GC
-
Poly A (5)
-
-
-
-
-
58 % en GC
-
Poly C (5)
-
61 % en GC
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
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0
0
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0
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0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
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100
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
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MiSeqDx 3
0
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0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
100
100
0
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0
0
0
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0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
100
100
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100
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100
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100
100
100
100
100
100
100
100
100
48
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
164
165
171
172
173
174
175
176
177
178
166
167
168
169
170
17
17
17
17
17
17
17
17
17
17
17
18
18
18
18
135
116
123
116
118
129
131
127
118
138
131
112
124
134
129
-
Poly C (6);
60 % en GC;
SNV
-
62 % en GC
-
Poly C (5);
65 % en GC
Poly G (6);
67 % en GC;
SNV
61 % en GC
Poly C (5)
-
-
61 % en GC
58 % en GC
-
Poly A (6)
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
135
135
0
0
0
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Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
% d’appels corrects 5
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MiSeqDx 3
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Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
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100
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Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
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100
100
100
100
100
49
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
184
185
186
179
180
181
182
183
187
188
189
190
18
18
18
18
19
19
19
19
19
19
19
19
133
118
114
118
122
139
131
141
121
138
123
138
Contenu génomique de l’amplicon
-
-
60 % en GC
-
Poly G (6);
66 % en GC
64 % en GC
67 % en GC
-
59 % en GC;
Région homologue sur un chromosome différent
Poly C (5);
72 % en GC;
Région homologue sur un chromosome différent
58 % en GC
64 % en GC
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
0
0
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Nombre total d’appels incorrects 4
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100
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
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Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
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100
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% d’appels corrects 5
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100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
50
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
191
192
193
Amplicon Chr.
Taille du fragment analysé 1
Contenu génomique de l’amplicon
194
195
20
22
22
117
136
122
22 122
22 119
Poly T (5)
Poly A (7)
Poly A (5);
Poly C (5)
62 % en GC;
SNV
66 % en GC
135
135
135
MiSeqDx 1
Nombre d’analyses d’échantillons 2
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
MiSeqDx 2
100
100
100
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
0
0
0
MiSeqDx 3
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
Nombre total d’aucunappels 3
100
100
100
0
0
0
0
0
0
Nombre total d’appels incorrects 4
% d’appels corrects 5
100
100
100
135 0 0 100 0 0 100 0 0 100
135 0 0 100 0 0 100 0 0 100
1
2
S’entend par « fragment analysé » la taille de la région génomique séquencée dans les bases, sans prendre en compte les primers spécifiques à la cible.
Le nombre d’échantillons est calculé à partir de neuf analyses de 15 échantillons (11 échantillons analysés une fois et deux échantillons analysés deux fois).
3
4
Le nombre total d’aucun-appels est le nombre total d’aucun-appels obtenu pour l’ensemble des 45 analyses analysant l’amplicon spécifique à l’aide d’un instrument MiSeqDx spécifié.
Le nombre total d’appels incorrects est le nombre total d’appels incorrects obtenus pour l’ensemble des 45 analyses analysant l’amplicon spécifique à l’aide d’un instrument MiSeqDx
5 spécifié.
Le % d’appels corrects correspond au débit d’appels corrects pour toutes les bases dans l’amplicon, où l’appel correct pour le SNV ou l’indel est basé sur la base de données de référence bien caractérisée et l’appel correct pour les bases dans le reste de la séquence d’amplicon est basé sur la comparaison de la séquence de référence du génome humain version 19. Cette colonne peut afficher plus d’un résultat prévu pour un amplicon donné si certains échantillons doivent avoir un indel et d’autres non, par exemple, l’amplicon 9.
6 L’amplicon 1 possédait un certain nombre de bases dont le génotype ne pouvait pas être appelé : 12 bases dans une analyse sur neuf dans NA12881; une base dans deux analyses sur neuf et trois bases dans une analyse sur neuf dans NA12886; 20 bases dans une analyse sur neuf et 26 bases dans une analyse sur neuf dans NA12888. Cela est dû à la faible couverture dans les bases sans aucun appel dans ces analyses, où la profondeur moyenne de séquençage était de 33,2, avec un minimum de 21 et un maximum de 52.
7 Lorsque le nombre d’aucun-appels n’est pas inclus dans le calcul, le taux d’appels corrects est de 100 %.
8 L’amplicon 9 a une analyse d’homopolymères de 14 A selon la séquence de référence du génome humain version 19. Cependant, les renseignements de référence bien caractérisée pour sept des 13 échantillons ont 13 A dans cette analyse d’homopolymères. Dans ces sept échantillons, cette suppression d’une paire de bases s’appelle un faux négatif et est appelée
9 comme faux négatif de façon reproductible dans les neuf analyses.
L’amplicon 95 a une analyse d’homopolymères de 14 A selon la séquence de référence du génome humain version 19. Cependant, les séquences de renseignements de référence bien caractérisée pour 13 des 13 échantillons ont 15 A dans cette analyse d’homopolymères. Dans ces 13 échantillons, cette insertion d’une paire de bases n’est pas appelée de façon reproductible à 100 % (c.-à-d. qu’il s’agit d’un faux négatif).
51
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Les résultats de l’étude 1 de reproductibilité pour chaque échantillon sont présentés pour l’ensemble des neuf analyses en une seule colonne. Les résultats affichés portent uniquement sur les variants à simple nucléotide et les résultats des insertions/délétions par rapport à la séquence de la base de données de référence pour les trois analyses réalisées sur trois instruments. Cette analyse a montré que les résultats des variants étaient reproductibles dans neuf analyses pour ces
échantillons.
11
12
9
10
13
7
8
5
6
3
4
1
2
Tableau 18 Résumé des résultats de reproductibilité de la plateforme MiSeqDx pour 13 échantillons bien caractérisés
Variants mononucléotides (SNV)
Nº d’ADN
Identifiant de l’échantillon d’ADN
Nombre d’analyses par échantillon
Nombre de SNV
Nombre de bases appelées correctement
Nombre de faux positifs 1
Nombre de faux négatifs 2
Nombre d’indels
NA12877 3
NA12878 3
NA12879
NA12880
NA12881
NA12882
NA12883
NA12884
NA12885
NA12886
NA12887
NA12888
NA12893
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
9
18
18
18
22
17
19
17
22
19
19
15
18
17
16
17
18
22
17
19
17
22
19
19
15
18
17
16
17
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
1
2
2
3
3
2
2
3
1
2
3
3
2
Insertions/délétions (indels)
0
1
0
1
1
1
1
1
0
1
1
1
0
Nombre de bases appelées correctement
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
Nombre de faux positifs 1
Nombre de faux négatifs 2
1
1
2
2
2
1
1
2
1
1
2
2
2
1 Faux positif = variant appelé par l’analyse de séquençage MiSeqDx, mais ne figurant pas dans la base de données de référence.
2
3
Faux négatif = variant figurant dans la base de données de référence, mais non appelé au cours de l’analyse de séquençage MiSeqDx.
Les échantillons NA12877 et NA12878 ont été analysés deux fois. Les échantillons répliqués ont généré des résultats identiques.
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Étude 2
Une étude de reproductibilité de site à site a été effectuée avec un test représentatif, le test de la fibrose kystique à 139 variants Illumina MiSeqDx, incluant un sous-ensemble de variations du gène CFTR pertinentes d’un point de vue clinique analysées avec le logiciel MiSeq Reporter à l’aide de la plateforme de flux de travail de séquençage d’ADN ciblé MiSeqDx. L’étude en aveugle a été réalisée sur trois sites d’essais et a nécessité deux opérateurs sur chaque site. Deux panels bien caractérisés de 46 échantillons chacun ont été analysés par chacun des opérateurs sur chaque site pour un total de 810 appels par site. Les panels contenaient un mélange d’ADN génomique issu des lignées cellulaires ayant des variants connus dans le gène CFTR, ainsi que du sang déleucocyté enrichi de lignées cellulaires ayant des variants connus dans le gène CFTR. Les échantillons de sang ont été fournis pour permettre l’incorporation des étapes d’extraction utilisées dans la préparation d’ADNg qui sert d’entrée primaire pour le flux de travail du test. Le débit de passage des échantillons, défini comme le nombre d’échantillons passant les indicateurs de contrôle qualité lors de la première tentative, était de 99,88 %. Tous les résultats des tests sont basés sur un test initial.
A
A
A
A
A
A
A
Tableau 19 Résumé des résultats de l’étude de reproductibilité réalisée avec un test représentatif de la fibrose kystique à 139 variants MiSeqDx.
Panel
Nº d’échantillon
Génotype de l’échantillon
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Nbre d’appels incorrects
Concordance positive (%)
Site 1 Site 2 Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’aucunappels
A
A
5
2
6
7
8
9 3
3
4
1
1
2
S549N (HET)
1812-1 G>A (HET)
Q493X/F508del (HET)
F508del/2184delA
(HET)
Y122X/R1158X (HET)
F508del/2183AA>G
(HET)
R75X (HET)
I507del/F508del (HET)
F508del/W1282X
(HET)
810
810
810
810
810
810
810
810
810
12
12
6
12
12
12
12
6
6
10
12
6
12
11
12
12
6
6
12
12
6
12
12
12
12
6
6
804
804
798
797
798
798
804
798
798
804
804
798
798
665
798
804
798
797
804
804
798
798
798
798
804
798
798
0
0
0
0
2 3
0
0
0
0
0
0
0
0
1
1
0
0
135
2
0
100
100
100
100
94,44
100
100
100
97,22
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
100
100
100
100
94,44
100
100
100
99,96
100
100
100
100
94,44
100
100
100
99,92
53
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Panel
Nº d’échantillon
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
3
Génotype de l’échantillon
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
810 12 11 12 798 797 798 2 3 0 97,22
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
99,96 99,92 F508del/3272-26A>G
(HET)
F508del/3849+10kbC>T
(HET)
621+1G>T/3120+1G>A
(HET)
E60X/F508del (HET)
M1101K (HET)
M1101K (HOM)
F508del (HOM) I506V,
I507V,
F508C absents
F508del/3659delC
(HET)
R117H/F508del (HET) (TG)10
(T)9/
(TG)12
(T)5
621+1G>T/711+1G>T
(HET)
G85E/621+1G>T (HET)
A455E/F508del (HET)
810
810
810
810
810
828
810
816
810
810
810
12
12
12
6
6
6
12
18
12
12
12
12
12
12
6
6
6
12
18
12
12
12
12
12
12
6
6
6
12
18
12
12
12
798
798
798
804
804
822
798
798
798
798
798
798
798
798
804
804
822
798
798
798
798
798
798
798
798
804
804
822
798
798
798
798
798
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
54
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
A
36
37
34
35
32
33
30
31
38
28
29
26
27
24
25
A
A
Panel
Nº d’échantillon
22
23
Génotype de l’échantillon
F508del/R560T (HET)
F508del/Y1092X (C>A)
(HET)
N1303K (HET)
G542X (HOM)
G542X (HET)
G551D/R553X (HET)
3849+10kbC>T (HOM)
TS
F508del (HET)
1717-1G>A (HET)
R1162X (HET)
R347P/G551D (HET)
R334W (HET)
TS
G85E (HET)
I336K (HET)
TS
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
810
810
12
12
12
12
12
12
798
798
798
798
798
798
0
0
0
0
100
100
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
100
100
100
100
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
6
6
6
0
6
12
6
6
6
12
6
0
6
6
0
6
6
6
0
6
12
6
6
6
12
6
0
6
6
0
6
6
6
0
6
12
6
6
6
12
6
0
6
6
0
804
804
804
798
804
810
804
804
804
798
804
810
804
804
810
804
804
804
798
804
810
804
804
804
798
804
810
804
804
810
804
804
804
798
804
810
804
804
804
798
804
810
804
804
810
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
S.O.
100
100
100
100
100
S.O.
100
100
S.O.
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
55
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
Panel
Nº d’échantillon
A
A
A
A
A
A
B
A
A
B
B
B
B
39
40
41
42
43
46
47
44
45
48
49
50
51
Génotype de l’échantillon
F508del/3849+10kbC>T
(HET)
621+1G>T/3120+1G>A
(HET)
F508del/3659delC
(HET)
R117H/F508del (HET) (TG)10
(T)9/
(TG)12
(T)5
G85E/621+1G>T (HET)
A455E/F508del (HET)
N1303K (HET)
G551D/R553X (HET)
2789+5G>A (HOM)
CFTR dele2, 3/F508del
(HET)
F508del/1898+1G>A
(HET)
TS
F508del/2143delT
(HET)
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
810 12 12 12 798 798 798 0 0 100
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
100 100
810
810
816
810
810
810
810
810
810
810
810
810
12
12
18
12
12
6
12
6
12
12
0
12
12
12
18
12
12
6
12
6
12
12
0
12
12
12
18
12
12
6
12
6
12
12
0
12
798
798
798
798
798
804
798
804
798
798
810
798
798
798
798
798
798
804
798
804
798
798
810
798
798
798
798
798
798
804
798
804
798
798
810
798
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
S.O.
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
56
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
65
66
63
64
61
62
59
60
67
57
58
55
56
52
53
54
Panel
Nº d’échantillon
B 68
Génotype de l’échantillon
3876delA (HET)
3905insT (HET)
394delTT (HET)
F508del (HET)
TS
TS
F508del (HET)
TS
L206W (HET)
TS
G330X (HET)
TS
R347H (HET)
1078delT (HET)
G178R/F508del (HET)
S549R (c.1647T>G)
(HET)
S549N (HET)
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
6
12
0
6
0
6
0
6
6
0
6
6
0
6
6
6
6
12
0
6
0
6
0
6
6
0
6
6
0
6
6
6
6
12
0
6
0
6
0
6
6
0
6
6
0
6
6
6
810
804
804
798
810
804
810
804
804
804
810
810
804
804
804
804
810
804
804
798
810
804
810
804
804
804
810
810
804
804
804
804
810
804
804
798
810
804
810
804
804
804
810
810
804
804
804
804
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
S.O.
100
100
100
S.O.
100
S.O.
100
100
100
S.O.
S.O.
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
810 6 6 6 804 804 804 0 0 100 100 100
57
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
B
Panel
Nº d’échantillon
69
70
71
72
73
74
75 2
76
77
78
79
80
81
82
83
4
Génotype de l’échantillon
W846X (HET)
TS
E92X/F508del (HET)
621+1G>T/1154insTC
(HET)
G542X (HET)
F508del (HET)
F508del (HET)
F508del (HET)
621+1G>T/A455E
(HET)
1812-1 G>A (HET)
TS
F508del/R553X (HET)
F508del/G551D (HET)
R347P/F508del (HET)
R117H/F508del (HET) (TG)10
(T)9/
(TG)12
(T)5
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
810
810
810
810
6
0
12
12
6
0
12
12
6
0
12
12
804
810
798
798
804
810
798
798
804
810
798
797
0
0
0
0
0
0
0
1 4
100
S.O.
100
100
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
100
100
100
99,96
100
100
100
99,96
810
810
810
810
810
810
810
810
810
810
816
6
6
6
6
12
6
0
12
12
12
18
6
6
5
6
12
6
0
12
12
12
18
6
6
6
6
12
6
0
12
12
12
18
804
804
804
804
798
804
810
798
798
798
798
804
804
670
804
798
804
810
798
798
798
798
804
804
804
804
798
804
810
798
798
798
798
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
0
135 2
0
0
0
0
0
0
0
0
100
100
94,44
100
100
100
S.O.
100
100
100
100
100
100
94,44
100
100
100
100
100
100
100
100
100
100
94,44
100
100
100
100
100
100
100
100
58
|
Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
Trousse universelle MiSeqDx 1.0
B
B
B
B
B
Panel
Nº d’échantillon
B
B
B
B
Total
84
85
86
87
88
89
90
91
92
4
Génotype de l’échantillon
I507del (HET)
2789+5G>A (HOM)
CFTR dele2, 3/F508del
(HET)
F508del/1898+1G>A
(HET)
TS
F508del/2143delT
(HET)
3905insT (HET)
394delTT (HET)
F508del (HET)
Variants
Nombre total d’appels par site
Appels concordants positifs (variants)
Site 1 Site 2
Appels concordants négatifs (de type sauvage)
Site 3 Site 1 Site 2 Site 3
Nbre d’appels incorrects
Nbre d’aucunappels
Concordance positive (%)
810
810
810
6
6
12
6
6
12
6
6
12
804
804
798
804
804
797
804
804
798
0
0
0
0
0
1 4
100
100
100
Concordance négative (%)
Concordance globale (%)
100
100
99,96
100
100
99,96
810
810
810
810
810
810
74 556
12
0
12
6
6
6
2 209
12
0
12
6
6
6
12
0
12
6
6
6
798
810
798
804
804
804
221 182
798
810
798
804
804
804
798
810
798
804
804
804
0
0
0
0
0
0
4
0
0
0
0
0
0
273
100
S.O.
100
100
100
100
99,77
100
100
100
100
100
100
99,88
100
100
100
100
100
100
99,88
1
2
L’emplacement de type sauvage, correspondant au variant N1303K pour un réplicat, n’a entraîné aucun appel à cause d’une couverture insuffisante.
Un réplicat des échantillons 5 et 75 avait un débit d’appel de 0 %. Le complément d’enquête indique que des échantillons peuvent ne pas avoir été ajoutés à la plaque d’échantillons avant
3
4 la préparation de la librairie, car les volumes d’échantillon restants dans les tubes ne correspondaient à aucun volume ayant été supprimé.
Des preuves indiquent que les échantillons 9 et 10 ont été vraisemblablement échangés par l’opérateur avant la préparation de la librairie.
L’emplacement de type sauvage, correspondant au variant M1V pour un réplicat de chacun des deux échantillons n’a entraîné aucun appel à cause d’une couverture insuffisante.
59
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Référence 15039608, rév. B FRA
Février 2015
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