Configurer une analyse de séquençage
Les étapes de configuration de l’analyse varient selon la configuration du système :
}
Standalone configuration (Configuration autonome) : vous êtes invité à définir les paramètres de l’analyse sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse) du logiciel de commande.
} BaseSpace ou Local Run Manager configuration (Configuration BaseSpace ou Local
Run Manager) : vous êtes invité à vous connecter et sélectionner une analyse prédéfinie dans une liste dans BaseSpace ou Local Run Manager.
Configurer une analyse (Configuration autonome)
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).
La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).
Charger la Flow Cell
1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.
Figure 11 Ouverture du verrou de Flow Cell
3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.
4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.
5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.
Figure 12 Installation de la Flow Cell sur la platine
30
6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Figure 13 Fermeture du verrou de Flow Cell
7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.
Charger la cartouche de réactifs
1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.
REMARQUE
Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez
Retirer le réservoir
usagé de la position nº 9 à la page 42 .
3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.
Figure 14 Charger la cartouche de réactifs
Vider le flacon de réactifs usagés
1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.
Guide du système MiniSeq
31
Figure 15 Retirer le flacon de réactifs usagés
2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.
Figure 16 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés
32
3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.
5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).
Saisir les paramètres d’analyse
1 Saisissez le nom de votre choix pour l’analyse.
2 [Facultatif] Saisissez l’identifiant de librairie de votre choix.
3 Sélectionnez une formule dans la liste déroulante Recipe (Formule). Seules les formules compatibles sont répertoriées.
4 Sélectionnez un type de lecture, soit Single Read (Lecture unique), soit Paired End
(Lecture appariée).
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
5 Indiquez le nombre de cycles pour chaque lecture de l’analyse de séquençage.
}
Lecture 1 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles.
} Index 1 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 1 (i7).
}
Index 2 : saisissez le nombre de cycles nécessaire pour le primer d’index 2 (i5).
}
Lecture 2 : saisissez une valeur dans la limite de 151 cycles. Cette valeur est généralement identique au nombre de cycles de la lecture 1.
Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :
}
Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.
}
Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux
5 cycles nécessaires à la génération du modèle).
} Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.
REMARQUE
Assurez-vous d’indiquer le nombre approprié de cycles de lecture d’index pour les librairies séquencées. Pour plus de renseignements, consultez les documents relatifs à la préparation de librairie.
6 [Facultatif] Si vous utilisez des primers personnalisés, cochez la case correspondante aux primers utilisés.
}
Lecture 1 : primer personnalisé pour la lecture 1.
} Index 1 : primer personnalisé pour l’index 1.
} Index 2 : primer personnalisé pour l’index 2.
}
Lecture 2 : primer personnalisé pour la lecture 2.
7 [Facultatif] Sélectionnez Advanced Settings (Paramètres avancés) pour modifiez les paramètres de l’analyse en cours.
}
Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.
}
Use run monitoring for this run (Utiliser la surveillance de l’analyse pour cette analyse) : modifiez les réglages pour utiliser la surveillance de l’analyse dans
BaseSpace. Lorsque ces réglages sont activés, des identifiants BaseSpace et une connexion Internet sont nécessaires.
} Recipe (Formule) : sélectionnez une formule personnalisée pour cette analyse.
} Output folder (Dossier de sortie) : modifiez l’emplacement du dossier de sortie pour l’analyse en cours. Sélectionnez Browse (Parcourir) pour sélectionner l’emplacement réseau.
8 Sélectionnez Next (Suivant).
REMARQUE
N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de
Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.
Passer en revue la vérification automatique
1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
}
Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).
} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section
Erreurs de la vérification
automatique à la page 54
.
Guide du système MiniSeq
33
} Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.
2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.
}
Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).
}
Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.
Configurer une analyse (configuration BaseSpace ou Local Run Manager)
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Sequence (Séquençage).
La commande Sequence (Séquençage) libère les consommables d’une analyse précédente et ouvre la série d’écrans Run Setup (Configuration de l’analyse).
Se connecter à BaseSpace ou à Local Run Manager
1 Entrez votre nom d’utilisateur et votre mot de passe.
2 Sélectionnez Next (Suivant).
Sélectionner End Run (Arrêter l’analyse)
1 Sélectionnez un nom d’analyse dans la liste des analyses disponibles.
Utilisez les flèches haut et bas pour faire défiler la liste ou saisissez le nom d’une analyse dans le champ de recherche.
2 Sélectionnez Next (Suivant).
Charger la Flow Cell
1 Ouvrez la porte du compartiment de Flow Cell.
2 Appuyez sur la touche de déverrouillage à droite du verrou de Flow Cell.
Figure 17 Ouverture du verrou de Flow Cell
34
3 Retirez la Flow Cell de l’analyse précédente si elle est présente.
4 Assurez-vous que la platine de Flow Cell est propre. Si des débris sont présents sur la platine de Flow Cell, éliminez-les avec une lingette alcoolisée.
5 Placez la Flow Cell sur la platine au-dessus des broches d’alignement.
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Figure 18 Installation de la Flow Cell sur la platine
6 Fermez le verrou de Flow Cell pour fixer la Flow Cell.
Figure 19 Fermeture du verrou de Flow Cell
7 Fermez la porte du compartiment de Flow Cell.
Charger la cartouche de réactifs
1 Ouvrez la porte du compartiment de réactifs.
2 Si la cartouche de réactifs usagée est présente, retirez-la.
REMARQUE
Le réservoir à la position nº 9 est amovible pour faciliter la mise au rebut en toute sécurité des réactifs inutilisés contenant du formamide. Consultez
Retirer le réservoir
usagé de la position nº 9 à la page 42 .
3 Faites glisser la cartouche de réactifs dans le compartiment de réactifs jusqu’à butée.
Figure 20 Charger la cartouche de réactifs
Vider le flacon de réactifs usagés
1 Retirer le flacon de réactifs usagés de son compartiment.
Guide du système MiniSeq
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Figure 21 Retirer le flacon de réactifs usagés
2 Fermez hermétiquement le flacon à l’aide du bouchon fileté pour éviter de répandre les réactifs usagés lors du transport du flacon.
Figure 22 Fermer hermétiquement le flacon de réactifs usagés
36
3 Jetez le contenu conformément aux normes en vigueur.
AVERTISSEMENT
Ce groupe de réactifs contient du formamide, un amide aliphatique constituant probablement une toxine reproductive. Des risques de lésions corporelles peuvent survenir par inhalation, ingestion, contact avec la peau et contact avec les yeux. Portez un
équipement de protection, y compris des lunettes de protection, des gants et une blouse de laboratoire. Traitez les réactifs usagés comme des déchets chimiques et éliminez-les conformément aux normes gouvernementales de sécurité en vigueur dans votre région.
Pour plus de renseignements concernant l’environnement, la santé et la sécurité, consultez la fiche signalétique de cette trousse à votre disposition sur support.illumina.com/sds.html
.
4 Retirez le bouchon fileté, puis faites glisser le flacon de réactifs usagés vide dans le compartiment jusqu’à la butée.
5 Fermez la porte du compartiment et sélectionnez Next (Suivant).
Confirmer les paramètres de l’analyse
1 Confirmez les paramètres de l’analyse.
Le logiciel de commande confirme le nombre de cycles spécifiés à l’aide des critères suivants :
}
Le nombre total de cycles ne dépasse pas le nombre maximal de cycles autorisés en fonction de la cartouche de réactifs chargée pour l’analyse.
}
Le nombre de cycles de la lecture 1 est supérieur à 5 (valeur correspondant aux
5 cycles nécessaires à la génération du modèle).
Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
}
Le nombre de cycles de lecture d’index ne dépasse pas le nombre de cycles de la lecture 1 et de la lecture 2.
REMARQUE
Assurez-vous d’indiquer le nombre approprié de cycles de lecture d’index pour les librairies séquencées. Pour plus de renseignements, consultez les documents relatifs à la préparation de librairie.
2 [Facultatif] Sélectionnez Edit (Modifier) pour modifier les paramètres de l’analyse.
Lorsque vous avez terminé, sélectionnez Save (Enregistrer).
}
Purge consumables for this run (Éliminer les consommables pour cette analyse) : modifiez ce réglage pour éliminer automatiquement les consommables après l’analyse en cours.
} Run parameters (Paramètres de l’analyse) : modifiez le type de lecture ou le nombre de cycles par lecture.
}
Custom primers (Primers personnalisés) : modifiez les réglages des primers personnalisés.
3 Sélectionnez Next (Suivant).
REMARQUE
N’ouvrez pas la porte du compartiment de réactifs ou la porte du compartiment de
Flow Cell pendant la vérification automatique ou pendant l’analyse de séquençage.
Passer en revue la vérification automatique
1 Passez en revue les résultats de la vérification automatique.
}
Pour arrêter une vérification en cours, sélectionnez Cancel (Annuler).
} Pour tous les éléments qui n’ont pas réussi la vérification, une action est nécessaire avant que vous puissiez continuer. Consultez la section
Erreurs de la vérification
automatique à la page 54
.
}
Pour redémarrer la vérification, sélectionnez Retry (Réessayer). La vérification reprend à la première vérification incomplète ou non conforme.
2 Pour démarrer l’analyse, sélectionnez une option parmi les suivantes.
}
Si le système n’est pas configuré pour démarrer automatiquement après une vérification réussie, sélectionnez Start (Démarrer).
} Si le système est configuré pour démarrer automatiquement après une analyse réussie, l’analyse de séquençage démarre automatiquement. Votre présence n’est pas nécessaire. Toutefois, si une erreur se produit au cours de la vérification, l’analyse ne démarre pas automatiquement.
Guide du système MiniSeq
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