Flux de réhybridation
Une analyse de réhybridation peut être nécessaire si les indicateurs générés au cours des quelques premiers cycles montrent des intensités inférieures à 2 500. Certaines librairies à faible diversité peuvent montrer des intensités inférieures à 1 000, ce qui est attendu et ne peut pas être résolu par une réhybridation.
REMARQUE
L’utilisation de la commande End Run (Terminer l’analyse) est définitive. L’analyse ne peut pas reprendre, les consommables ne peuvent pas être réutilisés et les données de séquençage de l’analyse ne sont pas enregistrées.
Lorsque vous mettez fin à une analyse et enregistrez la Flow Cell, le logiciel effectue les
étapes suivantes avant la fin de l’analyse :
}
Il place la Flow Cell en état de sécurité.
}
Il déverrouille la RFID de la Flow Cell pour une future analyse.
}
Il attribue une date de péremption de réhybridation à la Flow Cell.
} Il écrit les journaux de l’analyse pour les cycles terminés. Un délai est normal.
}
Il ignore le lavage automatique après analyse.
Lorsque vous démarrez une analyse de réhybridation, le logiciel effectue les étapes d’analyse suivantes :
} Il crée un dossier d’analyse basé sur le nom unique de l’analyse.
}
Il vérifie que la date de réhybridation de la Flow Cell n’est pas arrivée à expiration.
}
Il amorce les réactifs. Un délai est normal.
} Il ignore l’étape de génération d’amplifiats.
} Il retire le primer de lecture 1 précédent.
}
Il hybride un nouveau primer de lecture 1.
}
Il continue la lecture 1 et le reste de l’analyse selon les paramètres de l’analyse spécifiés.
À quel moment arrêter une analyse pour réhybridation
Une réhybridation ultérieure n’est possible que si vous arrêtez l’analyse aux moments suivants :
}
Après le cycle 5 : les intensités apparaissent après l’enregistrement du modèle, qui nécessite les 5 premiers cycles du séquençage. Bien qu’il soit sûr d’arrêter l’analyse après le cycle 1, il est recommandé d’attendre la fin du cycle 5. N’arrêtez pas une analyse au cours de la génération d’amplifiats.
} Lecture 1 ou lecture d’index 1 : arrêtez l’analyse avant que ne commence la resynthèse appariée. La Flow Cell ne peut pas être enregistrée pour une réhybridation ultérieure après le début de la resynthèse appariée.
Consommables requis
Une analyse de réhybridation nécessite une nouvelle cartouche de réactifs MiniSeq, quel que soit le moment où l’analyse a été arrêtée.
Guide du système MiniSeq
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Arrêter l’analyse en cours
1 Sélectionnez End Run (Arrêter l’analyse). Lorsque vous êtes invité à confirmer la commande, sélectionnez Yes (Oui).
2 Lorsque vous êtes invité à enregistrer la Flow Cell, sélectionnez Yes (Oui). Notez la date de péremption pour la réhybridation.
3 Retirez la Flow Cell enregistrée et placez-la à une température comprise entre 2 °C et
8 °C jusqu’à ce que vous soyez prêt à configurer l’analyse de réhybridation.
REMARQUE
Vous pouvez conserver la Flow Cell jusqu’à sept jours entre 2 et 8 °C dans le contenant de la
Flow Cell avec le couvercle fermé. Pour de meilleurs résultats, réhybridez la Flow Cell enregistrée sous trois jours.
Effectuer un lavage manuel
1 Sur l’écran d’accueil, sélectionnez Perform Wash (Procéder au lavage).
2 Sur l’écran Wash Selection (Sélection du lavage), sélectionnez Manual Post-Run Wash
(Lavage manuel après analyse). Consultez
Effectuer un lavage manuel de l’instrument à la page 45 .
REMARQUE
Si vous n’avez pas encore retiré la cartouche de réactifs de l’analyse arrêtée, vous pouvez l’utiliser pour le lavage manuel. Dans le cas contraire, effectuez le lavage manuel avec la cartouche de lavage.
Configurer une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) de
BaseSpace
1 Si l’instrument est configuré pour BaseSpace ou BaseSpace Onsite, configurez une nouvelle analyse dans l’onglet Prep (Préparation) en utilisant les mêmes paramètres que ceux de l’analyse d’origine.
ASTUCE
Cliquez sur l’onglet Pools (Groupements), sélectionnez l’ID de groupement pertinent pour conserver les paramètres de l’analyse précédente, puis assignez un nom unique pour la nouvelle analyse.
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Support nº 20002370
Document nº 1000000002695 v00 FRA
Configurer une analyse sur l’instrument
1 Préparez une nouvelle cartouche de réactifs.
2 Si la Flow Cell enregistrée a été stockée, placez-la de façon à ce qu’elle atteigne la température ambiante (15 à 30 minutes).
3 Nettoyez et chargez la Flow Cell enregistrée.
Le système lit la RFID de la Flow Cell comme une Flow Cell enregistrée et confirme une date de réhybridation valide.
4 Retirez le flacon des réactifs usagés et jetez le contenu de façon appropriée, puis rechargez le contenant vide.
5 Chargez la nouvelle cartouche de réactifs.
6 Sur l’écran Run Setup (Configuration de l’analyse), sélectionnez l’une des options suivantes :
} Configuration BaseSpace, BaseSpace Onsite ou Local Run Manager : sélectionnez l’analyse et confirmez les paramètres de l’analyse.
}
Standalone configuration (Configuration autonome) : saisissez le nom de l’analyse et spécifiez des paramètres identiques à ceux de l’analyse d’origine.
7 Sélectionnez Next (Suivant) pour effectuer une vérification avant analyse et démarrez l’analyse.
Guide du système MiniSeq
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